Недостаточное качество работ проявилось и на "Капитане Сакене”, где строителю еще чаще и с еще большими затратами времени и энергии приходилось добиваться устранения изъянов, допущенных мастеровыми. Многие, предстояло переделывать и исправлять уже при сдаче корабля.
Особенные сложности вся эта обстановка создавала для Балтийского завода совершавшего первый опыт большой работы в полном отрыве от своей, оказывшейся в тысячеверстном отдалении, производственной базы. В силу всего обилия неблагоприятных факторов, в дни, когда лодки начинали свои ходовые испытания (вернее, проверки на контрактную мощность) “Капитана Сакена” только еще готовили к спуску. Состоялся он 30 апреля 1889 г.
К этому времени корабль завершил мучительный процесс перепроектирования со встраиванием в прежний корпус новых машин и котлов производства Балтийского завода и одновременно переделки внешнего облика. После неоднократных изменений в корме вместо готовой надстройки утвердились рубки для офицеров и отдельно — для командира. Баковую надстройку заменили обтекаемой пологой крышей над палубой по примеру первых миноносцев. Только в ноябре 1887 г. журналом МТК № 162 было утверждено расположение офицерских кают. Это было последнее из журнальных постановлений МТК по проекту. Все прочие вопросы по предложениям строителя и М.И. Кази решались на месте властью Главного командира. В частности, исправляли просчеты проекта "Лейтенанта Ильина”. Цилиндры среднего и низкого давления снабдили рубашками, а угольные ямы трубами для замера температуры угля. Отказались от мало эффективных паровых подъемников для удаления из топок золы и шлака.
Вооружение ограничили шестью 47-мм, четырьмя 37-мм пушками. Из пяти минных аппаратов, два бортовых. оказались очень неудобны для заряжания и их к 1900 г. пришлось снять. Поворотные аппараты ставить не решились при обнаружившейся большой перегрузке. В итоге достроечных работ, продолжавшихся весь 1888 г. и захвативших (из-за запоздания материалов и изделий по механизмам) еще 1889 г., водоизмещение корабля в полном грузу дошло до 742 т. На неоднократно возобновлявшихся испытаниях в море мощность механизмов при 223 об/мип. не превышала 2341 л.с. Вместо ожидавшейся 21-уз скорости пришлось довольствоваться только 18,3 уз. Эти результаты можно объяснять какими-то существенными просчетами Балтийского завода при проектировании и изготовлении машин и котлов, а также и произошедшей перегрузкой, против проектного водоизмещения 525–600 т.
