В те же годы, приняв на себя бразды всероссийского духовного управления, святитель Филипп «как бы не отлучался духом от своей возлюбленной пустыни» (1, с. 56). Он постоянно помнил о соловецкой братии и с радостью принимал приезжавших из монастыря. На дворе митрополии он выстроил храм в честь Соловецких Чудотворцев. Им были отданы распоряжения об окончании различных работ, которые не были завершены в его бытность на Соловках.
И не напрасно душа святого Филиппа порой тосковала по мирной Соловецкой обители: над главой митрополита собиралась грозная туча.
В январе 1568 года царь вернулся в Московский Кремль после кратковременного пребывания в Александровской слободе, в этом своем укрепленном загородном дворце среди опричников. Дело было связано с переводом туда Опричного Двора и переездом туда царской семьи. Тогда же, в январе, Иоанн IV собрал Думный Собор, на котором он объявил боярам и духовенству «свою царскую мысль, чтобы ему свое Царство разделити и свой царский двор учинити в Александровской слободе. И на се бы его благословили» (12, с. 171). Целью царских действий было также продолжение расследования «государственного заговора» в Земщине и желание покончить со всеми, кто, как представлялось царю, сочувствовал этому «заговору». Подозреваемых либо казнили, либо грабили до последней нитки. По мысли царя, напуганные расправами знать и духовенство должны были бы «на всяко дело без рассуждения благословляти [царя] и волю его творити и не разгневати» (12, с. 172).
Действительно, не только бояре, но и епископы, договорившиеся перед Собором крепко стоять против опрично–земского двоевластия на Руси, убоялись «царева страха» и доброго «своего начинания отпадоша» (12, с. 172). Святитель Филипп не устрашился и без помощников вступить в подвиг. Он, единственный из участников Собора, кто последовательно отрицал существование «заговора». Сначала наедине, потом в собраниях он стал обличать царя. «Государь царь! — мужественно говорил святитель — различай лукавого от правдивого; принимай добрых советников, а не ласкателей. Грешно не возбранять согрешающим, но зачем разделять единство державы! Ты поставлен от Бога судить людей Божиих в правду, а не представлять из себя мучителя. Обличи тех, кто неправо говорит пред тобою…» (1, с. 58 — 59). Святитель боролся против возведения опричных властей на вершину государственного управления, потому что способ проведения этой «реформы» опирался на ложные обвинения (мнимый заговор).
