Работая там в театре Абая сценографом, Сергей Калмыков продолжал заниматься станковой живописью и графикой, исполнял офорты и монотипии. При этом зачастую использовал подручный материал: куски обоев, географические карты, обёрточную бумагу, писал на обороте своих же работ. Его творческое наследие только алма-атинского периода (чудом спасённое) насчитывает более полутора тысяч работ. Художественное наследие Сергея Калмыкова теперь – гордость Государственного музея искусств Казахстана им. А. Кастеева, а собранием его рукописей по праву гордится Государственный архив Республики Казахстан, даже после переезда столицы в Астану оставшийся в Алма-Ате.
Сергей Калмыков создавал абстрактные полуфигуративные и фигуративные композиции, выработал свой стиль, близкий сюрреализму, для которого характерны экспрессия, яркость цветов, чёткий линейный рисунок, создавал треугольные, круглые полотна… Калмыков алма-атинского периода отличался весьма экстравагантным поведением. Его яркие зачастую самодельные одежды до сих пор помнят в городе.
Никогда не имевший официального диагноза, свидетельствующего о психиатрическом заболевании, Калмыков, особенно в последние годы, вёл довольно асоциальный образ жизни и скончался в психиатрической клинике в 1967 году. Место его захоронения неизвестно. Его работы и рукописи, спасённые после смерти, пришлось подвергать санобработке.
Красные кони. 1911
В начале 2000-х в Казахстане началась охота за работами Калмыкова. Американский бизнесмен российского происхождения Алекс Орлов создал фонд Сергея Калмыкова и начал скупать работы художника. А они уже были в Москве, Калининграде, Павлодаре, в частных коллекциях дочери президента Казахстана Дариги Назарбаевой, нынешнего мэра Астаны Имангали Тасмагамбетова. У этих людей есть вкус и понимание значимости творчества этого вовсе не казахского живописца, графика, автора многочисленных литературных текстов, так называемых «Необычайных абзацев». На сегодня Сергей Калмыков – один из наиболее часто подделываемых художников Казахстана. Его работы выставляются на аукционах со стартовой ценой от 15 тысяч долларов!
Не сразу, но постепенно осознание масштабности Сергея Ивановича Калмыкова появилось и в России. В 60-е годы ХХ века Алма-атинский художественный музей сделал по нынешним меркам царский подарок Оренбургу. В первую столицу Казахстана (а таковой Оренбург являлся с 1920 по 1925 год) была передана большая коллекция графики Сергея Калмыкова – его работы оренбургского периода. Несколько десятилетий эти зарисовки города 20–30-х годов, скрупулёзно датированные, составляющие целые циклы («разрушение собора», «строительство цирка»), лежали, дожидаясь своего исследователя.
