8. Россия удерживает и эксплуатирует Трансманьчжурскую железную дорогу на условиях и в зависимости от концессии на ее сооружение, а также под условием, что дорога будет эксплуатироваться исключительно для коммерческих и промышленных целей.
9. Россия возмещает Японии действительные издержки за войну. Размер, а равно время и способ этого возмещения будут определены впоследствии.
10. Все русские военные суда, получившие повреждения и интернированные в нейтральные порты, будут выданы Японии как законные призы.
11. Россия обязуется ограничить свои морские силы в дальневосточных водах.
12. Русское правительство предоставит японским подданным полные права рыбной ловли вдоль побережья, в заливах, гаванях, бухтах и реках своих владений и Японском, Охотском и Беринговом морях.
В качестве контрибуции японское правительство потребовало от России огромную по тем временам сумму в 1,2 млрд. иен (в то время иена равнялась приблизительно русскому золотому рублю). Для царского правительства выплата контрибуции была оскорбительной, тем более что Россия не считала себя побежденной. Понимали это и японцы, которые знали, что в случае срыва переговоров русские возобновят активные боевые действия, имея в Маньчжурии полмиллиона солдат и две тысячи орудий. В ответ на японские требования Витте резонно заявлял: «Если бы Россия была окончательно разбита, что было бы лишь в том случае, если бы японские войска пришли в Москву, тогда только мы сочли бы естественным возбуждение вопроса о контрибуции». Официальная русская позиция по вопросу о контрибуции состояла в следующем: «Военные издержки уплачиваются только странами побежденными, а Россия не побеждена. Не может считать себя побежденною страна, территория которой почти не подвергалась нападению со стороны неприятеля… Только в том случае, если бы японские войска победоносно заняли внутренние области России, страна могла бы понять возбуждение вопроса о возмещении военных издержек…» Единственное, на что соглашалась русская делегация по финансовым вопросам, была компенсация затрат на содержание в Японии русских военнопленных, да и то на основе взаимности.
Как беспрецедентное и нарушающее достоинство державы было расценено и требование передать Японии все русские военные корабли, получившие повреждения и интернированные в нейтральные порты. Не вписывалось в нормы международного права и внесение в текст мирного договора нарушавшее суверенитет России требование ограничить ее военно-морские силы. Довольно скоро японцы осознали несуразность подобных условий и отказались настаивать на их выполнении.
