Первый Do 335A-01 (VG+PG, W.Nr. 240101) поднялся в воздух лишь 30 сентября 1944 года. Он не отличался от прототипа Do 335V9. На самолете стояли моторы DB 603A-2 (передний) и DB 603QA-2 (задний), которые вращали трехлопастные винты диаметром 3,5 м с возможностью реверса, что сокращало пробег на 25 %. За кабиной пилота находился главный бак объемом 1230 л. Два вспомогательных бака объемом по 337 л находились в центроплане. При необходимости, самолет мог брать еще 500-литровый бак, который размещали в бомбоотсеке.
Прежним оставалось и вооружение. Предсерийные самолеты оснащались прицелом Revi С 12/D, который можно было использовать и для наведения пушек и для бомбометания. Универсальность прицела достигалась с помощью устройства Schwenkplatte SP-1.
В состав радиооборудования самолета входил передатчик FuG 16ZY, устройство опознавания свой-чужой FuG 25a, а также устройства для посадки вслепую FuG 125.
Конструкция крыльев базировалась на коробчатых лонжеронах. На крыльях стояли элероны и закрылки. Крестообразное хвостовое оперение состояло из двух килей (над и под фюзеляжем) с рулями направления, а также горизонтальных стабилизаторов с рулями высоты. Хвостовое оперение было металлическим, исключения составляли лишь передние кромки горизонтальных стабилизаторов, сделанных из дерева. При необходимости хвостовое оперение и задний винт можно было сбросить, чтобы пилот мог покинуть самолет. Можно было сбросить только нижний киль, чтобы посадить самолет на брюхо. На нижнем конце киля имелся амортизатор и полоз, защищавший хвостовое оперение от ударов о грунт при взлете и посадке. Стойки шасси в полете убирались в крылья и носовую часть фюзеляжа.
Do 335A-01 вероятно был уничтожен в ходе одного из налетов союзников. А-02 (VG+PH, W.Nr. 240102), сохранившийся до наших дней, передали в Рехлин. А-03 (VG+PI, W.Nr. 240103) не имел вооружения и его также использовали для испытаний. То же самое можно сказать и в отношении А-05 (VG+PL, W.Nr. 240105), который с января 1945 года летал в Рехлине, испытывая систему антиобледенения. Завершив цикл испытаний, самолет вернулся в Менген.
Do 335A-04 (VG+PK, W.Nr. 240104) использовался для испытания дополнительного оборудования. Испытания проходили в Рехлине с 5 по 22 декабря 1944 года. Самолет доставляли туда через Дессау, но неизвестно, участвовала ли фирма Junkers в судьбе самолета.
Do 335A-06 (VG+PM, W.Nr. 240106) разделил судьбу А-01 и погиб в ходе налета.
