Обработка уникальной коллекции была закончена к сентябрю 1942 года, о чем свидетельствует отчет главной рабочей группы «Прибалтика» руководству Оперативного штаба «Об обработке Новгородской библиотеки». Согласно нему всего в Ригу из Новгорода было направлено 33 892 тома; к отчету приложены списки книг на 68 листах по разделам «Археология», «Этнография» и «Раритеты».
Среди них 1260 Библий, Евангелий и других богослужебных книг XVI–XVIII вв., принадлежавших Новгородскому музею и происходящих из различных собраний — Новгородской церковной библиотеки, библиотек братства св. Софии, Юрьева монастыря, Софийского собора, личных библиотек архиепископа Арсения и архиерея Григория Лубинского, а также ряда церквей под Новгородом. Коллекция предназначалась для передачи экзархату православной церкви в Латвии в Риге. Но в протоколе состоявшейся в Риге 27 ноября 1942 года передачи главной рабочей группой «Прибалтика» экзархату православной церкви в лице митрополита Литовского и Виленского Сергия упоминается уже лишь 1026 богослужебных рукописных и печатных книг из Новгорода.
«Спасенные» сотрудниками штаба Розенберга «из использовавшегося большевиками как музей атеизма Софийского собора» книги передавались для «временного использования» с условием возвращения их православной церкви в Новгороде. Маркировка произведений искусства по системе главной рабочей группы «Прибалтика» выполнялась в Риге. Характерно, что довольно подробные списки практически не содержат информации о музеях происхождения описанных в них произведений искусства: гитлеровских историков искусства не интересовала принадлежность награбленных ими сокровищ…
С начала 1943 года вывоз культурно-художественных ценностей на запад приобретает массовый характер и становится весьма поспешным. К этому времени, когда после Сталинградской битвы стало ясно, что «последующее время» для Третьего рейха не наступит, установки Оперативного штаба в отношении ценностей на оккупированных восточных территориях существенно изменились. Вывезенные из Новгорода в конце 1943 года художественные ценности сначала были определены на хранение во Псков, где проводилась их инвентаризация и составление описей. Затем они переправлялись в Ригу, на базу главной рабочей группы «Прибалтика» для дальнейшей обработки, упаковки и отправки в Германию.
В апреле 1944 года в помещении Рижского государственного музея была открыта выставка, организатором которой стал уполномоченный по охране памятников искусства группы армий «Север» граф Эрнст Отто Зольмс-Лаубах, директор художественного музея во Франкфурте-на-Майне. В документах есть сведения об отправке из Риги в Германию, в местечко Лерберг, а оттуда на хранение в замок Кольберг 3 апреля и 13 мая 1944 года пяти вагонов с художественными ценностями, среди которых упоминается 650 икон XIV–XVII веков из Новгорода, Пскова, Тихвина, Гатчины, Петергофа и Павловска. Из отчета Дитера Роскампа об упаковке предметов искусства, «спасенных» войсковой группой «Север», от 29 апреля 1944 года:
