Кроме того, в период фашистской оккупации занимался археологией: с помощью выделенных под его начало для «черной работы» солдат вермахта и советских военнопленных продолжал начатые до войны раскопки славянских курганов на реке Оредеж (гитлеровцев интересовали древности и драгоценности).
Василий Пономарев при благожелательном отношении сотрудников штаба Розенберга отправился сопровождать культурные ценности в Германию, где в 1944 году занимался описанием новгородских археологических коллекций в университете Грайфсвальда. После войны оказался в американской оккупационной зоне. В СССР не вернулся, небезосновательно полагая, что сотрудничество с оккупационным режимом ему не простят. Преподавал историю и археологию. Умер в 1978 году в Марбурге, гражданства ФРГ не приняв (по одним данным — потому что не хотел быть гражданином страны, напавшей на его Родину; по другим, не менее вероятным, — поскольку статус лица без гражданства давал наибольшую защиту от экстрадиции). С родственниками, оставшимися в Советском Союзе, никаких контактов не поддерживал, закономерно опасаясь навлечь на них неприятности.
Содействовал германским властям в работе по возвращению новгородских и псковских ценностей в СССР. В нашей стране, разумеется, был «персоной нон грата» до начала 90-х. В последние годы маятник качнулся в противоположную сторону, и ныне в Новгороде о Пономареве говорят почти исключительно как о спасителе ценностей от неминуемой гибели. Несколько лет назад по инициативе родственников его останки были перезахоронены на родине.
В библиотеке Марбургского университета хранится архив Василия Пономарева, фрагменты которого — воспоминания об оккупации Новгорода, написанные в начале 50-х годов, видимо, на основе более ранних, военных дневников, — недавно опубликованы. При всей их внешней бесстрастности трудно не заметить разницу отношений автора к оккупантам и к «отступившим советским» — не в пользу последних».
Из дневника Зинаиды Шепитько:
«Воспоминания Василия Пономарева:
В начале войны Новгород, хотя и подвергшийся налетам германской авиации, особенно участившимся с конца июля, пострадал сравнительно немного… Видимо, германские бомбардировщики имели специальный приказ щадить церкви. Видя это, население массами укрывалось в церквях, превращая их в импровизированные бомбоубежища. Новгородцы уже на глазах советской власти… возносили к небу горячие молитвы о спасении от надвигающейся гибели…
