Португальский флот был задержан у Камарана встречными ветрами до середины июля 1513 г. Прежде чем покинуть Красное море, Албукерки отправил письмо королю с крещеным мавром через Африку, и, чтобы не вызывать подозрений у туземцев, ему надели на ноги кандалы, так что его можно было принять за беглого раба. Этот посланец добрался до Португалии. Король был обрадован добрыми вестями и поручил ему доставить ответ Албукерки.
Отступив, Албукерки двинулся к Оманскому заливу, где легко подчинил себе порты Калайате, Куриате, Маскат, Сохар и Орфасан. Вскоре после этого он захватил Ормуз, где начал строить крепость, что вызвало протесты его капитанов, которые предпочитали захватывать в море мусульманские суда из Мекки.
В письме королю Мануэлу 4 декабря 1513 г. Албукерки так сообщал об ужасе и панике, которые он вызвал в этом районе: «Еще несколько дней назад во всем проливе узнали о нашем прибытии, и все места были оповещены об этом таким образом, что я могу сообщить Вашему Величеству, что ни один корабль и ни одно каноэ никогда не выходят в море и даже птицы не осмеливаются летать, настолько Красное море напугано нашим прибытием и настолько оно стало пустынным».
В этом письме Албукерки сообщал подробные сведения о всем Красном море, о портах Эфиопии и Аравии, об их торговом и стратегическом значении и о тех правилах, которые соблюдались при навигации в Красном море. Он изложил также королю свой план: взять Аден, построить крепость в Массауа, чтобы получить доступ к «золоту страны пресвитера Иоанна», а затем направить военную экспедицию против Меккки. В основе этого плана Албукерки лежала идея конкисты и дух крестового похода.
Но в 1515 г. Албукерки умер, не осуществив своих планов.
Перед кончиной он продиктовал секретарю следующее письмо: «Это письмо Вашему Величеству написано не моей рукой, ибо меня мучает икота — верный признак близкой смерти. То малое, чем я владею, завещаю сыну. Наши успехи в Индии говорят сами за себя, а также и за меня. Главный город Индии я оставляю во власти Вашего Величества. Единственное мое пожелание — запереть ворота проливов. Я прошу Ваше Величество не забывать, что я сделал для Индии, и помочь прославиться моему сыну. 6 декабря 1515 года».
Еще первый вице-король Индии Франсишку де Алмейда применил на Востоке уже опробованный ранее португальцами на восточно-африканском побережье стратегический принцип оккупации «невралгических торговых центров» вдоль морского торгового пути Лиссабон — мыс Доброй Надежды — Кочин. Но вскоре обнаружилась фундаментальная разница между атлантическим и восточным отрезками этого пути. В то время как в Атлантике мусульманские торговые пути не пересекались с португальским, в Индийском океане они не только перекрещивались с ним, но и накладывались на него. Сознавая эту реальность, Албукерки с самого начала понимал, что было бы нереально ставить перед собой целью уничтожить мусульманскую торговлю. Поэтому он, по совету короля, стал избавляться от тех людей в своем окружении, которые выступали за войну против «неверных».
