Когда эмоциональное возбуждение после поездки улеглось, эрцгерцог вернулся в армию. На этот раз он сумел избегнуть Венгрии, заняв пост генерал-майора и приняв командование над 38-й пехотной бригадой в Будвайзе (Budweis) (ныне Ческе-Будеёвице) в Богемии. Францу Фердинанду был уже тридцать один год. Он стал более циничным, более раздражительным и открыто высказывал неприязнь, тщательно скрывая сентиментальность за строгостью. Случающиеся порой вспышки гнева и жесткость в поведении привели к появлению для него среди друзей прозвища Огр. Он не был таким страшным, как можно подумать по его прозвищу, но действительно становился безжалостным, когда сталкивался с некомпетентностью. Узнав, что полковой оркестр проигнорировал похороны молодого капрала ради местного праздника, он вспыхнул от гнева. «Бедный капрал отправился в свой последний путь без музыки только ради того, чтобы было немного больше музыкантов для крестьянского танца! — кричал он на командира. — Это полный позор!» Вскоре наказанный офицер подал прошение об отставке.
Но и в Богемии, как до этого в Венгрии, эрцгерцог стал жертвой своего неблагополучного состояния здоровья. Бледный, резко исхудавший и кашляющий кровью, Франц Фердинанд неохотно согласился на визит доктора летом 1895 г. Виктор Айзенменгер (Victor Eisenmenger), молодой врач венской клиники Schrötter Clinic, достаточно быстро диагностировал туберкулез легких, хотя и тщательно хранил страшную новость от своего нового пациента. Айзенменгер пытался защитить эрцгерцога от болезни, которая убила его мать. Когда Айзенменгер предложил Францу Фердинанду уйти на вынужденный отдых, камергер эрцгерцога граф Лев Вурмбранд (Leo Wurmbrand) язвительно заметил: «Это будет очень сложно. Эрцгерцог привык к определенному образу жизни, который совершенно противоположен тому, что вы ему предлагаете. Вряд ли его удастся удержать больше, чем на день. Я не спал в своей постели уже две недели, все время в поезде».
Чтобы форсировать события, потребовалось вмешательство императора. «Я должен обратить ваше внимание на тот непреложный факт, что вашим священным долгом является сейчас заняться своим здоровьем, — писал он своему племяннику. — Вам надлежит уехать в тихое место в горах, и так быстро, насколько это возможно, и вести там спокойную жизнь… и прежде всего следуйте инструкциям вашего лечащего доктора буквально и до последней детали. Это единственный способ улучшить ваше здоровье, и я надеюсь, хотя бы ради меня, что вы проявите немного терпения и настойчивости, пусть даже ваша жизнь будет достаточно однообразной».
