Как и другие аристократы, оказавшиеся в Индии, Франц Фердинанд охотился на тигров, пантер и кабанов. Ему нравилось это намного больше, чем нудные торжественные обеды, которые он часто вынужден был терпеть. Хотя эрцгерцог чудом избежал трагедии на Цейлоне, когда на охоте слон чуть не наступил на него. Он продолжил охотиться и в диких местах Австралии, а быстро изготовленные чучела добытых им кенгуру и эму были отправлены обратно в Австрию на корабле.
Но охота не могла больше скрывать проблему, растущую на борту корабля. Эрцгерцог и его двоюродный брат Леопольд, отмечал адмирал Миклош Хорти (Miklós Horthy), «были людьми совершенно разных темпераментов», так что беда была неминуема, если они путешествовали вместе. Леопольд открыто признавал, что он и Франц Фердинанд «уже давно ненавидят друг друга». Мелодраматичный, подверженный сомнительным полетам фантазии, Леопольд считал своего двоюродного брата «невежей», человеком, «начисто лишенным даже малейших проблесков чувствительности и тонких порывов души». Каждую ночь, рассказывал он, Франц Фердинанд напивался, кричал, что он рад, что Рудольф убил себя, называл императора «глупым старикашкой» и рассуждал о том, как он может «заставить старикашку уйти с пути». Не желая больше мириться с подобными сценами, Леопольд потребовал перевода на другое судно.
Это была версия Леопольда, высказанная им уже много лет спустя после смерти кузена; истина была совсем другой. Претензии о пьяных ссорах лишь маскировали проблемы, существовавшие в отношениях между двумя мужчинами, и были гораздо глубже простого личного конфликта. Леопольд использовал свое положение эрцгерцога Габсбургов с воинственной заносчивостью и снобизмом, высокомерно отказавшись ужинать вместе со своими товарищами-офицерами. Будучи несчастным на борту корабля, он не пропускал дня, чтобы громко не высказать надежду, что корабль потонет и это освободит его от исполнения служебных обязанностей. Еще хуже было увлечение Леопольда привлекательными молодыми матросами. Хотя он вообще не общался с офицерами, у него не было таких предубеждений относительно простых членов экипажа; как-то раз он провел много времени, запершись у себя с одним особенно красивым кадетом. Чтобы избежать в дальнейшем скандала, Франц Фердинанд высадил Леопольда с судна в Сиднее.
Когда эта неприятная ситуация осталась позади, Франц Фердинанд предпринял путешествие в Гонконг, а потом в Японию, встретился с императором Страны восходящего солнца и позировал фотографам в кимоно. На снимках видно, что он не совсем здоров. 26 августа он покинул Иокогаму на борту белоснежного лайнера
