Согласно организационной структуре эскадры делились на группы, обозначавшиеся римскими цифрами (I, II, III и IV). Те, в свою очередь, состояли из эскадрилий, обозначавшихся арабскими цифрами (1, 2, 3, 4 и т. д.). Эскадрильи же подразделялись на звенья, являвшиеся базовой единицей. В состав звена по штату входило три самолета, в состав эскадрильи – двенадцать. Три эскадрильи составляли группу, штатная численность которой, таким образом, насчитывала 36 бомбардировщиков. Эскадра, как правило, состояла из четырех авиагрупп[1], причем четвертая была учебной, занимавшейся подготовкой и вводом в строй пополнения, и потому в боевых действиях обычно не участвовала. Кроме того, каждая группа и эскадра имели штабное звено (Stab.), на самолетах которого летали ее командир и офицеры штаба. В результате общая штатная численность эскадры составляла 130 самолетов. На практике же часть машин всегда находилась в ремонте либо просто в неисправном состоянии, и число боеготовых (исправных) бомбардировщиков могло сильно отличаться от штатного. Помимо эскадр в бомбардировочной авиации имелись также отдельные авиагруппы (Kampfgruppe – KGr.). Как правило, они предназначались для выполнения каких-либо специальных задач, например для наведения на цель основной массы бомбардировщиков, борьбы с вражеским флотом, постановки мин и т. д.
Система командования в люфтваффе была довольно сложной. Эскадры организационно входили в состав авиадивизий либо авиакорпусов, которые создавались по территориальному признаку и не имели постоянного состава. Они осуществляли оперативное руководство действиями бомбардировщиков в определенном районе боевых действий (например, Западное Средиземноморье, Северная Африка, фронт группы армий «Б» и т. п.). При этом командиры эскадр сохраняли полную тактическую самостоятельность. Авиадивизии и корпуса, в свою очередь, подчинялись авиационным командованиям люфтваффе, также создававшимся по территориальному признаку, например для поддержки наступления на определенном участке фронта.
Высшей ступенью в организационной структуре люфтваффе был воздушный флот, каждый из которых действовал на определенном театре военных действий. Так, при вторжении в СССР на Восточном фронте было развернуто три воздушных флота: 1 – й действовал на фронте группы армий «Север», 2-й – в полосе группы армий «Центр», 4-й – на южном направлении. Командование флотов осуществляло общее стратегическое руководство действиями всех авиационных подразделений в своей зоне. Таким образом, воздушный флот или авиакорпус представляли собой, по сути, территориально-административные структуры. Воздушные флоты в свою очередь подчинялись Главному командованию люфтваффе и Генеральному штабу люфтваффе.
