В другом месте, узнав в процессе изучения японской истории, что с эпохи Муромати фактическая власть перешла от императоров к сёгунам, о. Николай, словно обнаружив что–то редкое и необычное, пишет: «Япония, не задумываясь долго, создала себе новую форму правления. Вышло нечто очень оригинальное: император, по–видимому, продолжал быть тем же императором; титулы и почести на словах и в книгах остались за ним, но власть перешла к более живым и сильным деятелям — сёогунам» («Япония с точки зрения христианской миссии»),
В дневниковых записях также часто встречаются сравнения Японии с Россией. Так, во время поездки по Дзёсю о. Николай сравнивает японских соловьев со своими родными, причем в пользу последних: «По окраине дороги — внизу, в мочевине [1], много тальника, любимое местопребывание для соловьев, и сколько же зато их здесь! Жаль только, что они не так хорошо поют, как наши, например курские», — или, сравнивая японских и русских ямщиков, пишет, что в Японии они «не такие нахальные» (7/19 мая 1881 года).
Делал он и крупномасштабные сравнения Японии и России. Например, точка зрения о. Николая, изложенная в Дневнике от 20 мая/2 июня 1905 года, где он сопоставляет морскую державу Японию и континентальную державу Россию, представляет большой интерес и сегодня.
Особенно часто о. Николай выделяет по сравнению с русскими такую особенность японцев, как их законопослушность. Во время русско–японской войны японское правительство приняло решение охранять Православную Церковь и о. Николая, для чего в токийской Миссии (Николай–до) постоянно дежурили полицейские и жандармы. Охрана была устроена чрезвычайно серьезно и простиралась до самых мелочей. Часто действия охраны казались о. Николаю проявлением чрезмерной приверженности правилам, упрямым нежеланием отступить от них ни на йоту. Он даже писал с некоторым негодованием: «Формалисты эти японцы!» Однако в то же время и ценил японскую приверженность правилам и законам: «Но это же и хорошая черта их и сила их: закон они исполняют точно и аккуратно. Сёогунство своим строгим режимом так воспитало японцев» (4/17 февраля 1904 года).
О. Николай, приехавший в Японию в конце эпохи сёгуната, чувствовал преемственность между эпохами Эдо и Мэйдзи и знал, что основы социального поведения и характера японцев были сформированы именно в эпоху Эдо. А как в этом отношении обстояло дело с Россией? Вот что о. Николай пишет по этому поводу: «Здесь [в Японии] закон и правило царят. В России не закон, а „усмотрение”» (19 июля/1 августа 1905 года).
