Кроме того, в дневниковых записях этого периода можно встретить, например, такие излияния души о. Николая, уже полностью посвятившего всего себя миссионерству в Японии: «Теперь сажусь продолжать на станции Чудово, на пути в Новгород и Юрьевский монастырь просить 2 тысячи, последние недостающие, так как Киевский Митрополит, от которого я только что еду, дал 2 тысячи. Запустил дневник, а между тем хотелось обозначить каждый день в кратких чертах, чтобы после — в Японии, когда взгрустнется и захочется в Россию, при взгляде на дневник останавливалось прихотливое хотение. „Хорошо только там, где нас нет”. В Японии хочется в Россию, а в России прожил ли хоть один день, чтобы не хотелось в Японию! Где счастье? Нет его на земле; везде, где бы ни быть в данную минуту, полного спокойствия и счастья никогда не испытываешь; всегда стремишься к чему–то вперед, жаждешь перемены; а придет перемена, видишь, что не того ждалось, и возвращаешься помыслами к прежнему. В России лучшие из лучших минут — это, конечно, часы, проводимые мною у Ф. Н. Быстрова. Маленький земной рай это милое семейство, — и нет, кажется, — не видал лучше его на свете. […] Расцветаю я душой и согреваюсь в этом милом семействе, — но что и в нем наполняет меня? Та же вечная мысль об Японии и Миссии! Разогретый и расширенный душевно, — я становлюсь лучше относительно Миссии; значит, и тут главное Миссия, — и вечно и везде — одна Миссия и Япония, и не скрыться мне от них, и не найти другого — лучшего на земле, другого счастья, кроме Миссии и Японии. Так о чем же я скучал в Японии? Чего искала душа? Не убежишь от того, что приросло к ней, — и счастье мое па земле — это одно — хорошее течение дел по Миссии. […] Дай же, Боже, мне поскорее вернуться туда и никогда уже не скучать там и не хотеть в Россию! При прочтении этих строк, когда какая досада или тоска станет одолевать в Японии, дай, Боже, всегда успокоиться и отрезвиться от недельной мысли искать счасться — хоть бы во временном отпуске в России» (28 сентября (26 октября) 1879 года).
Душа о. Николая уже была полностью отдана японской миссии, и, таким образом, уже к тому моменту он был «Николаем Японским».
Японская Православная Церковь в дальнейшем
В апреле 1906 года о. Николай был возведен в сан архиепископа, а 6 лет спустя, 16 февраля 1912 года скончался в возрасте 75 лет на территории Миссии в Токио. Борясь в последние годы жизни со страданиями, причиняемыми сердечной болезнью и астмой, он до самой смерти занимался переводом и редактированием богослужебных книг и даже в день своей смерти давал своему преемнику епископу Сергию (Тихомирову) последние инструкции по ведению миссийских дел.
