Белиберда в душе, белиберда в людях кругом; одна природа искупала тоску и утешала злость, но люди мешали».
Похоже, сам о. Николай с теплотой вспоминал родину лишь тогда, когда находился вдали от нее, — по пословице «там хорошо, где нас нет». Однако в его сердце присутствовало сильное природное чувство привязанности к родине, которое было заронено, вероятно, еще в детстве, проведенном в Березе. Это чувство часто проявляется в дневниковых записях, сделанных в Японии.
Вот что он пишет во время своего путешествия по району Хокурику в апреле, увидев лошадь, вcпахивающую поле в окрестностях Тоямы: «В поле приятно поразила пахота: соха совсем как русская, и в нее впряжена лошадь; способ держать соху и управлять лошадью до того похож на русский, что так и ждешь окрика: „ближе!“ или „вылезь!“» (18/30 апреля 1893 года). Выросший в сельской местности о. Николай столкнулся в японской деревне с пейзажем, вызвавшим воспоминания детства.
Особенно глубока была его привязанность к родному селу. Узнав, что его земляк, ботаник С. А. Рачинский, строит училище для крестьян, о. Николай сразу же отправил из Японии значительное пожертвование, а впоследствии каждый год посылал деньги для этой школы, которая была названа его именем. «Из родного села Березы, — пишет о. Николай, — получил фотографию церкви и другую — училища, названного от Сергея Ал. Рачинского моим именем, потому что посылаю на него 200 рублей в год. Группа из 50 мальчиков и девочек с отцом Петром Соколовым в средине очень симпатичная: лица осмысленные, одеты прилично, хотя разнообразно» (17/30 октября 1910 года). Через одного из своих знакомых в России о. Николай дарил этому училищу волшебный фонарь, орган и другие вещи.
В Дневнике от 23 апреля/6 мая (День великомученика Георгия) 1910 года святитель Николай, которому исполнилось уже 73 года, неожиданно записывает следующее: «Праздник в моем родном селе Егоров–Березе. Родные, должно быть, и обо мне вспоминают. Ярмарки там, много народа и очень весело». И для приехавшего в Японию в 25 дет, и прожившего в ней около 50 лет о. Николая Японского все равно было трудно забыть свое родное село.
Кроме того, поскольку о. Николай был монахом, он прожил всю жизнь один, но всегда беспокоился о своих родственниках, живших в России. Так, он время от времени посылал деньги племяннику через своего близкого друга в Петербурге, отца Федора Быстрова.
Младший брат святителя Николая, Василий, тоже стал священнослужителем. Получив в 1911 году известие о смерти брата, служившего протоиереем в Сызрани, 74–летний о. Николай пишет: «Весьма прискорбно! Единственный брат, на три года моложе меня. Хорошо, что дошло до него и утешило его мое последнее письмо, которым я отвечал на его убеждение — не ехать в Россию на покой, а оставаться навсегда в Японии; он встревожен был кем–то пущенной в газете выдумкой, что я прошусь на покой в Смоленском Авраамиевском монастыре. Царство тебе небесное, дорогой брат! Тотчас же написал соболезнование и утешение вдове» (15/28 февраля 1911 года).
