Принявши старейшинство над братиею, преп. Лонгин старался превзойти всех подвижническими подвигами и несмотря на преклонные лета свои, всегда первый выходил на монастырские труды и более других работал для своей пустынной общины. Еще доныне цел выкопанный им колодезь, находившийся в его время в самой братской трапезе, а ныне вблизи храма, уже на открытом воздухе; цела жесткая и колючая власяница, которою он постоянно изнурял постническое свое тело; сохранилась и священническая фелонь, в которой преподобный воздевал свои руки, принося Богу бескровную жертву. Пришедши на Коряжему в преклонных летах, уже украшенный сединою, преп. Лонгин недолго пожил в своей новой обители. После многолетних трудов и подвигов в Павловом монастыре, блаженный старец, как будто для того и вызван был Промыслом на пустынные берега Вычегды, чтобы устроить здесь иноческую обитель и, по устроении ее, переселиться в обитель вечную. Блаженная кончина его последовала 10 февраля 7048 (1540) года при архиепископе Ростовском Досифее. Умирая, старец заповедал ученикам своим похоронить его при входе в храм у самого церковного крыльца, чтобы все идущие в церковь и из церкви попирали его могилу. Так смиренная душа, бегавшая славы человеческой при жизни, не хотела ее и по смерти. Как ни тяжело было для братии исполнение этого завещания, однако они не смели преступить его и погребли своего отца «у лестницы папертныя», там, где он сам приказал. Но Бог, смиряющий гордых и возносящий смиренных, не допустил, чтобы многотрудное и святое тело Его угодника навсегда оставалось в небрежении и было попираемо, и еще при жизни тех, которые погребали, прославил его нетлением и чудесами. В 7065 (1557) г., 15 лет спустя по преставлении преп. Лонгина, Устюжский воевода князь Владимир находился в столь сильном расслаблении, что не мог двинуть ни рукою, ни ногою; болезнь была так тяжела и упорна, что никакие лекарства не приносили больному ни малейшей пользы. Находясь в столь безнадежном положении, воевода увидел однажды во сне старца, который сказал ему: «Князь Владимир, если хочешь быть здоровым, молись Богу и обещайся вскоре побывать в Коряжемском монастыре, и прикажи тамошнему игумену и братии перенести на иное место тело начальника того монастыря, игумена Лонгина, и будешь здоров. Ибо неприлично телу Лонгина почивать на том месте, где оно ныне находится». Явившийся старец подробно рассказал, где находится тело и куда перенести его. Пробудившись от сна, князь Владимир весьма дивился необычайности и ясности своего сновидения и, не надеясь получить облегчения от лекарств, решился немедленно отправиться на Коряжему. По прибытии в монастырь, он сам указал место, где был погребен преподобный, и куда надлежало перенести его, хотя до того времени не только никогда не бывал в монастыре, но даже и не слыхал о нем. Когда по его приказанию гроб преп. Лонгина был вынут из могилы и перенесен в новую, близ северной стены церкви, князь тотчас же сделался здоров, как будто и не подвергался болезни. Радуясь и благодаря Бога и Его угодника за свое чудесное исцеление, князь рассказал игумену и братии о бывшем ему сновидении и приказал над гробом преподобного устроить часовню. Когда слух об исцелении князя разнесся в народе, многие стали приходить в монастырь и совершать над гробом преподобного панихиды; все, приходившие с верою, получали исцеление от своих болезней.
