Вскоре Мартинегро создал причудливый лабиринт тоннелей, пересекавший во многих местах турецкие, часто на расстоянии всего нескольких десятков сантиметров от стен турецких подкопов. Контрмины взрывали турецкие тоннели чаще всего в тот момент, когда в них еще работали саперы.
За работами саперов и с той и с другой стороны следили специально подготовленные слухачи. Мартинегро изобрел также едва ли не первые в истории миноискатели. Они представляли собой трубки из пергамента, которые сигнализировали своими отраженными звуками о любом ударе вражеский кирки. Команда из родосских греков с миноискателями постоянно дежурила в контртоннелях, сообщая о приближении вражеских саперов. Мартинегро старался вовремя подорвать турецкие тоннели. Если же это не удавалось, он их довольно своеобразно «вентилировал» посредством бурения спиральных отдушин, которые гасили силу взрывов.
В дневнике Сулейман отмечал:
«Подрывники приходят в соприкосновение с противником, который использует большое количество горящего гарного масла, и не достигают…
Войска проникают в крепость, но вытесняются оттуда с большими потерями из-за того, что гяуры применяют новый тип катапульты…
В крепость прорывается несколько черкесов, сорвав четыре-пять флагов и большую доску, на которую противник насадил металлические шипы, чтобы ранить ноги штурмующих…»
Никаких брешей в обороне крепости найти не удалось. Волны штурмовавших войск накатывались на проломы в стенах, но под огнем артиллерии и мушкетов, под градом стрел, камней и горящего масла с большими потерями откатывались назад. Все турецкие батареи одновременно вели огонь по позициям рыцарей, но не могли нанести им существенного ущерба.
Турки несли большие потери, но не прекращали атаки на крепость.
В конце сентября Сулейман решился на всеобщий штурм. Вечером перед ним к защитникам крепости вышли глашатаи со словами:
«Земля и каменные сооружения на ней будут принадлежать султану, вам же достанутся только кровь и разграбление».
Штурм достиг кульминации на рассвете 24 сентября. Накануне турецкие саперы взорвали несколько вновь установленных мин.
Всеобщий штурм был предпринят против четырех отдельно стоящих бастионов. Он проходил под прикрытием завесы черного дыма от костров и пожаров. На бастионы обрушилась мощная артиллерийская бомбардировка. К проломам в стенах ринулись янычары, водрузившие в нескольких местах свои знамена.
Однако защитники бастионов не дрогнули, пользуясь тем, что из-за небольшого периметра стен турки не могли реализовать свое подавляющее численное превосходство.
