Проложив курс на остров Сибирякова, корабль направился в море, идя посередине Амурского залива с 15‑узловой скоростью. Однако туман снова сгустился. Пришлось снова уменьшить ход до 10 узлов, несмотря на протесты командира, который считал, что ход надо уменьшить до 7 узлов.
Время подошло к 11.30. По традиции царского флота в воскресные дни (2 мая было воскресенье) адмирал и командир корабля обедали в общей офицерской кают‑кампании. Они спустились с мостика в кают‑кампанию. На мостике остались старший штурман и вахтенный начальник.
Туман тем временем сгустился. Крейсер продолжал идти с 10‑узловой скоростью по счислению. Имея приказание К. П. Иессена изменить курс влево, не доходя на 3 мили до острова Антипенко, старший штурман в расчетное время (12.30) спустился в кают‑кампанию, чтобы испросить разрешение на начало поворота. Получив соответствующее приказание, он только лишь успел добежать до мостика и начать поворот влево, как перед носом корабля из тумана выросли высокие обрывы скалистого берега. Был дан «полный назад», но это уже не могло предотвратить катастрофу – крейсер, ударившись тараном о камни, всей своей носовой частью сел на прибрежные скалы. В момент удара туман был настолько густ, что с половины длины крейсера береговые, находившиеся вплотную у носа утесы вырисовывались сквозь туман в виде силуэта. В первый момент на крейсере считали, что это не мыс Брюса, а остров Антипенко. После посадки туман значительно поредел, а затем почти полностью рассеялся.
Крейсер плотно сидел на камнях, поднявшись носом почти на 2 метра. Разломленный по стыку форштевень был резко свернут влево и открыл зияющую пробоину в таранное отделение. Носовые отсеки начали заполняться водой, но плотно сидевшему крейсеру не угрожала пока непосредственная опасность гибели.
Однако и попытки сойти с камней задним ходом не увенчались успехом. Начали перегрузку угля из носовых угольных ям в корму.
К месту аварии «Богатыря» подошли крейсер «Россия» и ледокол «Надежный». Утром 16 мая ветер от зюйд‑вестовых румбов, от которых крейсер не был прикрыт островами, начал постепенно свежеть и развел волну. Несмотря на усиливающийся ветер, весь день ледокол «Надежный» делал попытки стащить крейсер с камней. Но они были бесполезны, «Богатырь» продолжал стоять на месте. Крейсер «Россия» не пытался стащить аварийный корабль, так как под вечер еще более засвежело. В 20 часов ветер дул с силой 7–8 баллов, а к 23 часам превратился в жестокий 10‑балльный шторм.
