На корабль прибыл командующий эскадрой контр‑адмирал С. О. Макаров и возглавил борьбу за живучесть. Под пробоину завели парус с одного из учебных судов, после чего вода стала убывать. В сопровождении броненосца «Петр Великий» «Гангут» пришел своим ходом в Кронштадт и был введен в док для ремонта.
В следующем, 1897 г. под командованием того же К. М. Тикоцкого и под флагом вице‑адмирала С. П. Тыртова во главе Практической эскадры 20 мая «Гангут» вышел на Транзундский рейд для боевой подготовки. 12 июня корабль выполнил стрельбы по щиту в Выборгском заливе. Завершив стрельбы и подняв щит на борт, «Гангут» взял курс на Транзунд со скоростью 2,5 узла. В 15.40 корабль наскочил на подводную скалу, после чего перестал слушаться руля. Вода стала поступать в носовую кочегарку. Пробили водяную тревогу, были запущены все водоотливные средства, и начали разводить пары в кормовой кочегарке.
В 15.50 были остановлены главные машины. Команда действовала спокойно, как на учениях: задраены все двери и люки, началась разводка вспомогательного котла. Под пробоину пытались завести пластырь, а затем тент, но их заводке мешали таранное образование форштевня и волнение.
К 16.00 были затоплены все кочегарки – вода подошла к топкам. Корабль потерял ход, остался без света, остановились водоотливные средства. Для уменьшения дрейфа отдали якорь на глубине 29 м. Крен корабля достиг 7° на правый борт. Для спрямления приняли 60–70 т в отсеки левого борта. Через 30 мин корабль стал крениться на левый борт. Поэтому затопили правый погреб 305‑мм зарядом. Борьба за живучесть продолжалась, воду откачивали ручными помпами и ведрами. В 18.00 удалось запустить вспомогательный котел, начали работу водоотливные средства, но паропроизводительности вспомогательного котла не хватало.
К 18.30 осадка возросла на 2 м, жилая палуба оказалась ниже уровня воды, и она хлынула через шпигаты, гальюны, умывальники. Положение корабля стало критическим. К 19.00 (когда прошло более трех часов после аварии) к «Гангуту» подошли корабли отряда. Крен к этому времени вырос до 10°. В 19.25 на бак заведен буксир с крейсера «Африка», но самостоятельно выбрать якорь броненосец не мог, а перебить якорную цепь с помощью учебной мины адмирал не разрешил. Он считал, что при буксировке корабль мог опрокинуться, что привело бы к гибели сотен людей. Вместо этого в 20.20 началась перевозка людей на корабли отряда, в 21.30 командир последним покинул корабль. В 21.40 броненосец повалился на левый борт и скрылся под водой. Прошло семь часов после того, как корабль получил повреждение, и три часа как подошла «Африка». Стоя в двух кабельтовых от 9‑метровой банки броненосец затонул на глубине 29 м.
