Отец Иоанн записывает свои размышления о Святых Дарах и причащении: «Приступающие к таинствам покаяния и причащения должны помнить, что тут — тайна Божия, и не должны любопытствовать и совопросничать внутренно, тем менее — сомневаться…» Необходима сердечная вера, что «« самомалейшей частице Святых Христовых Тайн — весь Христос».
«Бога и душу свою, как образ Божий, равно и душу брата, как образ Всетворца Бога, ставь безмерно выше всего. Поступая так, угодишь Сотворившему тебя и будешь на земле влажен», — записывает отец Иоанн свои мысли о человеческой душе. Много размышляет он и о любви к ближнему, об отношении к скорбям, о вере христианской и значении Церкви: «Слово Господа так твердо и неизменно, что им держится весь мир — видимый и невидимый — мир Ангельский и человеческий. Потому и слово Евангелия так твердо… Все, что сказал Господь в Евангелии, так истинно и так твердо, что небо и земля скорее могут прейти и исчезнуть, чем слова Господни, сказанные в Евангелии… Богослужение Православной Церкви, таинства и все молитвы — путь жизни духовной, которым прошли и спаслись святые Божии и которые [то есть Богослужение, таинства…] и теперь оказываются путем жизни для всех верных… Слава вере христианской — православной! Истинный плод ее всегда был и есть единение верующих между собой через любовь и общение благ духовных и вещественных… Истинное христианство и на земле водворяет благополучие, потому что оно смотрит на христиан как на одно великое тело…»
Отец Иоанн пишет о необходимости блюсти чистоту веры, его волнует раскол в христианской Церкви: «Церковь —и это как бы зеленеющее дерево с листьями и плодами: а раскол — это сухая ветвь, отломившаяся от дерева…»
В дневниковой тетради много заготовок для проповеди, советов, обращенных к священнику, много ссылок на собственный опыт: «Когда готовишь проповедь, имей высокое уважение к ней, как к Господню живому семени… чем проще и сердечнее, тем она лучше… помни, что с тобою Господь и Он устами твоими говорит».
Мы встречаем на страницах дневника отца Иоанна оценку состояния современной ему науки наряду с размышлениями о мироздании:
«Идолам покланяются естествоведы, которые в природе не хотят видеть Бога, а одни неразумные силы, придавая им имя природы… Прогресс, ныне существующий, есть прогресс плотского, ветхого человека, прогресс плоти, не духа… Един Бог есть Сый: Он весь на всяком месте так, что Его присутствия не вытесняет ни один малейший атом вещества, но всякий атом вещества Он наполняет — почему и говорится об Нем, что Он везде есть и все наполняет, то есть всякое вещество — великое и малое».
