Смерть царя Бориса Годунова усилила Смуту в Российском государстве, дала новый толчок к распространению слухов об «истинном царевиче Дмитрии», расчистила путь самозванцу, погубившему династию Годуновых. Преемник Бориса Годунова, его шестнадцатилетний сын Федор, «подавал народу твердую надежду, что будет добрым, благочестивым царем», но царствовал после смерти отца только два месяца. Царевна Ксения стала свидетельницей внезапного и трагического падения своего рода и предательства тех, на кого Годуновы возлагали свои надежды.
7 мая 1605 года боярин Петр Федорович Басманов, которому Борис Годунов незадолго до кончины вверил командование армией, изменил царю Федору Борисовичу под Кремами и перешел вместе с войсками и другими знатными боярами на сторону Лжедмитрия I.
Оставшись без армии, царская семья Годуновых оказалась почти совершенно незащищенной. Несколько тысяч московских стрельцов, до конца верных Федору Борисовичу, молодой царь отправил на Оку, защищать Москву. И они остановили Лжедмитрия I под Серпуховом. Тем временем 1 июня произошло восстание в Москве. Пробравшиеся в Москву гонцы самозванца прочитали с лобного места «прелестные грамоты» Лжедмитрия, которые обличали «изменников Годуновых, неправедно завладевших царством». Толпа бросилась громить и грабить дворы бояр, зажиточных людей и торговцев, нажившихся на голоде. Однако восставший в Москве народ, издеваясь над сильными мира сего, никого не убивал и не казнил Годуновых. Царицу Марию Григорьевну, вдову Бориса Годунова, и его сына, царя Федора Борисовича, убили «воровские» бояре-изменники.
Остановившись в Серпухове, Лжедмитрий I не решался войти в Москву до той поры, пока были живы молодой Федор Годунов и его мать-царица. Послав в столицу бояр с приказанием умертвить сына и жену Бориса Годунова, самозванец, наслышанный о необычайной красоте Ксении, «дщерь повелел в живых оставити, дабы ему лепоты ея насладитися». 10 июня 1605 года князья-убийцы Василий Голицын, Василий Мосальский, Михаил Молчанов и Андрей Шерефетдинов в сопровождении отряда стрельцов ворвались на подворье Годуновых, захватили царицу Марию Григорьевну и ее детей и развели «по храминам порознь». Царица от неожиданности потеряла дар речи и не оказала никакого сопротивления. Федор Годунов, «поистине юный витязь и писаный красавец», мужественно сопротивлялся, так что палачи долго не могли с ним справиться. Отчаянно вырывавшуюся Ксению Годунову увезли в дом к одному из губителей ее матери и брата, князю В. Мосальскому. Позже она узнала, что задушившие Федора и Марию Годуновых бояре-убийцы объявили народу, что царь и царица покончили жизнь самоубийством — «испиша зелья», а «царевна едва оживе». Хотя этому никто не поверил, так как тысячи людей, в том числе историк той эпохи Петр Петрей, собственными глазами видели следы от веревок, которыми были задушены царь Федор и царица Мария Григорьевна, бояре запретили традиционный обряд погребения. Федора и его мать закопали, как самоубийц, возле ограды бедного Варсонофьевского монастыря на Сретенке. В одну яму с ними были брошены останки Бориса Годунова, которые родовитые бояре извлекли из Архангельского собора. Так пресмыкавшиеся перед тираном-самозванцем знатные бояре-изменники решили посмертно лишить почестей законно избранного, но «худородного» царя Бориса Годунова.
