Вскоре после представления принца Иоанна русскому царю семья Годуновых поехала в Троице-Сергиевскую обитель помолиться о счастье Ксении. Датский принц герцог Иоанн остался в Москве. Он решил употребить время отсутствия царя с семейством на изучение русского языка, за который он принялся ревностно, и даже говорил, что желает принять православную веру.
Невеста Ксения, бывшая с родителями на богомолье, прислала в дар жениху, по русскому обычаю, богато убранную постель и белье, расшитое серебром и золотом. Ежедневно слали гонцов из Москвы к царю Борису и обратно из Троицы — к принцу Иоанну. 16 октября, находясь в Братошине на пути из Троицы, Борис Годунов узнал о внезапной болезни принца. Приехав в Москву, царь стал умолять врачей и своих, и прибывших с принцем из Дании спасти дорогого будущего зятя и сулил за его выздоровление великие милости. Борис Годунов дал обет: если принц останется жив, то он отпустит на свободу четыре тысячи узников, а также велел раздавать нищим богатую милостыню. Поначалу врачи уверяли царя, что болезнь герцога Иоанна не опасна и излечима. Но ему становилось с каждым днем хуже. 27 октября Борис Годунов посетил больного принца Иоанна. И когда нашел его очень слабым, то стал горько плакать и жаловаться у его постели. Один из членов датской свиты услышал и записал в дневник слова русского царя: «Заплакала бы и трещина в камне, что умирает такой человек, от которого я ожидал себе величайшего утешения, — восклицал Борис Годунов. — В груди моей от скорби разрывается сердце». Царь приехал к нареченному зятю и на следующий день. Принц Иоанн был без сознания и бредил. Царь сильно предавался горю и не отходил от его постели. К вечеру жар усилился, и 29 октября в два часа ночи, не приходя в сознание, принц скончался. Ксения, услышав о смерти своего жениха, сильно убивалась по нему, а Борис Годунов сказал ей: «Погибло, дочь, твое счастье и мое утешение». В трагедии А. С. Пушкина безутешная Ксения Годунова, целуя портрет умершего жениха, произносит:
Милый мой жених,
Прекрасный королевич,
Не мне ты достался,
Не своей невесте,
А темной могилке
На чужой сторонке...
Ксения осталась невестой-вдовой. В последующие годы обстоятельства складывались так трагически, что царю Борису Годунову было уже не до искания женихов.
В 1603 году после нескольких неурожайных лет в Российском государстве начался невиданный по масштабам голод. Многие богатые люди, имея большие запасы старого хлеба, отказывались продавать зерно, придерживая его в эгоистических целях наживы и требуя за него большие деньги. Цены на хлеб стремительно росли почти до 1605 года. Цена на рожь поднялась в 20 раз. Основная часть населения не могла покупать такой хлеб. Правительству Бориса Годунова не хватило твердости, чтобы сломить сопротивление богатых монастырей и бояр, отказавшихся поделиться хлебными излишками в условиях неурожая. Не удалось ему ввести твердые цены на хлеб и обуздать бешеную спекуляцию зерном. Однако сам Борис Годунов не жалел средств на борьбу с массовым голодом. Чтобы прокормить население, он организовал оплачиваемые общественные работы в Москве и приказал ежедневно раздавать нуждавшимся денежную и хлебную милостыню. Услышав о такой царской щедроста, народ толпами устремился в Москву, отчего голод в столице лишь усилился. За два года голода на трех больших братских кладбищах, или «скудельницах», было погребено 127 тысяч умерших. Количество погибших во всех городах и селах было так велико, что современники утверждали: в голодные годы вымерла «треть царства Московского». Ожесточение и отчаяние порождало сначала разбои и грабежи, а затем голодные бунты неимущих, восстания и междоусобные войны.
