В своей капитальной «Сумме теологии» Фома вовсе не отрицал наук и их роль в познании природы (это, по-видимому, пришлось по душе Бруно). Фома признавал, что науки разделяются между собой главным образом своими методами, способами познания. Но каждая наука своим путем может вести к истине: «Различие в способах, при помощи которых может быть познан предмет, создает многообразие наук. Одно и то же заключение, как-то, что земля кругла, может быть сделано и астрологом, и физиком. Но астролог придет к нему через посредство математического умозрения, отвлекаясь от материи, физик же через посредство рассуждений, имеющих в виду материю».
И еще высказывание: «…Природа наук бывает двоякой. Одни из них таковы, что зиждутся на основоположениях, непосредственно отысканных естественной познавательной способностью, как-то: арифметика, геометрия и другие в том же роде…» (Подобные рассуждения мы могли бы принять и теперь, в наши дни. Надо лишь учитывать, что у Фомы следует продолжение, где утверждается существование других наук, имеющих возвышенную природу. Такой «наукой всех наук» он считал священное учение, религиозные истины, постигаемые путем боговдохновения, прозрения, благодати. Оно превыше разума.)
Была у Фомы одна любимая тема, в которой сливались его интересы теоретика-богослова и практика-церковника. Тема эта касалась проблемы сущности зла и его соотношения с добром. Согласно учению христианской секты манихейцев, добро и зло (бог и дьявол, олицетворяющие эти понятия) противостоят друг другу, находятся в постоянной борьбе. Это две полярные противодействующие силы. Основатель учения перс Мани (III век) попытался ввести в христианство идею легендарного пророка Зороастра (Заратуштры) об извечной борьбе в мире светлого и темного начал, огня и тьмы.
Фома не признавал манихейство, считал его ересью, боролся с ним всеми доступными средствами. По его мнению, «целокупный миропорядок требует… чтобы некоторые вещи могли впасть в несовершенство…». «Нет единого первичного начала зла в том смысле, в котором есть единое первичное начало блага… Все сущее, в той мере, в какой оно есть сущее, есть благо и… зло существует лишь в благе, как своем субстрате». «Совершенство вселенной требует, чтобы в вещах присутствовало неравенство, дабы осуществились все ступени совершенства… Подобно тому как совершенство вселенной требует, чтобы были не только вечные, но и бренные сущности, точно так же совершенство вселенной требует, чтобы были и некоторые вещи, которые могут отступить от своей благости… В этом и состоит сущность зла, то есть в том, чтобы вещь отступала от блага».
