1 января 1939 г. общество получило новый статус: на него были возложены «научные изыскания», по поиску «основ арийской расы», завершившиеся опытами над заключенными в концлагерях. С началом Второй мировой войны изучение наследия древней германской культуры было сокращено, а новые исследовательские проекты полностью перешли в ведение СС.
С началом Второй мировой войны специалисты организации «Наследие предков», следуя за частями вермахта, принимали участие в разграблении европейских музеев, коллекций древностей и библиотек, включая собрания масонских и еврейских книг.
1 января 1942 года «Аненэрбе» было включено в состав личного штаба рейхсфюрера СС>94. Вся деятельность этой организации была окончательно переориентирована на военные нужды. Многие невоенные проекты были свернуты; был организован Институт военных исследований «Аненэрбе», возглавленный Зиверсом.
К концу Второй мировой войны «Аненэрбе» превратилось во влиятельную тайную силу. Этой структуре был поручен контроль над не имеющей никакого отношения к «наследию предков» секретной программой «оружия возмездия» (Фау-1 и Фау-2), которую возглавлял офицер СС авиаконструктор Вернер фон Браун, после войны ставший создателем американских космических кораблей. Гиммлер поручил обергруппенфюреру СС Тамлеру расстрелять над Англией все самолеты-снаряды Фау-1>95.
Одно время Гиммлер рассматривал в качестве «чудо-оружия» атмосферное электричество. Секретная установка, действующая по принципу удара молнии, должна была обеспечить Третьему рейху победу в войне. Это оружие, считал Гиммлер, могло бы разгромить всех врагов рейха одним ударом.
Когда руководящий сотрудник «Аненэрбе» штурм-баннфюрер СС д-р Эрнст Шефер возвратился из экспедиции в Тибет, где он искал следы арийской прарелигии в письменных памятниках буддизма, Гиммлер поставил перед ним задачу выведения породы «зимостойких степных лошадей». Наряду с другими бредовыми идеями, у него был замысел оккупации территорий России вплоть до Сибири эсэсовцами, которые должны были жить в так называемых опорных пунктах, как это делали тевтонские воины в древние времена. Из этих пунктов эсэсовцы управляли бы порабощенными народами. По идее Гиммлера, эти опорные пункты следовало возводить без применения современной техники, используя «зимостойких степных лошадей». Эти лошади должны были обеспечивать эсэсовцев, которые будут охранять дальние границы рейха на склонах Уральских гор, мясом, молоком и сыром.
