На обратном пути Есугэй задержался на стоянке татар, где он был отравлен. По возвращении в родной улус, он заболел и через трое суток умер.
После смерти отца для семьи наступили тяжелые времена. Несколько лет спустя, после спасения из тайджиутского плена, Темуджин разыскал стойбище унгиратов и взял Бортэ в жены. Приданым Бортэ стала роскошная соболья шуба.
Жизнь с Темуджином вряд ли можно назвать спокойной, он постоянно воевал. Известно, что меркиты похитили Бортэ в качестве мести за то, что Есугэй отнял Оэлун у меркитского воина Чиледу. Темуджин вместе с кереитами и своим побратимом Джамухой разгромил меркитов и освободил Бортэ.
Всего, как уверяют историки, Чингисхан имел более 26 жен и 2 тысячи наложниц, однако все они появились у него после его 50-летия, а до того супруга Бортэ была его единственной. Возможно, к этому времени сама Бортэ уже стала стара и не могла рожать, а хан нуждался в увеличении числа своих наследников.
Бортэ была матерью четырёх сыновей: Джучи, Чагатая, Угэдэя, Толуя – и пяти дочерей: Фуджин-беги, Чичиган, Алагай-беги, Тумалун, Алталун. Все они рождались и росли в трудных условиях, в постоянной опасности прямого физического уничтожения. Им грозила гибель не только от вражеских стрел и мечей, но и от элементарного голода. Весной 1206 года на курултае Темуджин был провозглашён великим ханом над всеми племенами и получил титул Чингисхан. Разрозненные и враждующие монгольские кочевые племена объединились в единое государство. Бортэ, которой было в то время 45 лет, стала императрицей, владелицей земель, на которых паслись огромные стада и табуны. Ее охраняли тысячи воинов и прислуживали многочисленные служанки. Ее старшему сыну было 24 года, второму – 21 год, третьему – 20 лет, последнему – 13 лет. Когда Чингисхан был еще только Темуджином, в своих заботах о создании армии и нового государства он постоянно был в разъездах и войнах, надолго покидал семью и просто не мог ее защищать постоянно. Всё было на плечах его верной жены Бортэ. Ее жизнь была подчинена сохранению детей.
Хотя несколько детей Чингисхана от других жен или наложниц получили некоторую форму признания в империи, в том числе земли или военное командование, дети только Бортэ были Великими Ханами, так называемыми чингизидами. Она вместе с матерью Чингисхана Оэлун, считалась одним из самых доверенных советников. Она была коронована как великая императрица. Бортэ часто изображается как красивая женщина, одетая в белое шелковое платье, с золотыми монетами в ее волосах, с белым ягненком в руках и верхом на белом коне. В 1220 году Чингисхан основал Каракорум – столицу Монгольской империи. Когда Чингисхан продолжал расширять свое влияние и империю, Бортэ оставалась в Каракоруме и правила Монголией.
