Характер идеи обусловил и главный структурообразующий принцип – принцип антитезы, а развитие идеи, воплотившееся в движении сюжета, определило способы связи между главами. Соединенные в «повествование в рассказах», главы содержат в себе натурфилософские концепты, которые повторяются с достаточной периодичностью. Эта структурно-смысловая особенность выявляется в контексте произведения в целом, придавая ему глубокий смысл.
В повествовании в рассказах последовательно раскрывается утраченное равновесие между человеком и природой, потребительская психология возомнившего себя «венцом творения» по отношению к окружающему его миру. Автор с дотошностью исследователя воспроизводит разные формы браконьерства, в полной мере раскрывая незащищенность природного мира, будь то флора и фауна тайги, ценные породы рыб и птиц. Поведение человека в природе определяется его нравственностью и прежде всего совестью, отсутствие которой – главный показатель саморазрушения личности, ее духовного распада, что и раскрывается в «Царь-рыбе».
Утилитарному, потребительскому восприятию природы В. Астафьев противопоставляет глубокое постижение ее сути с закономерностью естественных процессов, обеспечивающих вечное движение жизни. В повествовании предстает образ мощной, неукрощенной – даже в ее гибели – природы. При определенных обстоятельствах она перестает быть «матерью» человеку, превращаясь в «мачеху», карая и наказывая его. Оба «лика» природы раскрываются в «Царь-рыбе». Автору важно напомнить человеку об «изначальном» порядке вещей и «восстановить» природу в ее правах. Писателю близко толстовское восприятие природы как вечной, неизменной, исполненной красоты, спокойствия, гармонии. В «зачине» произведения (глава «Бойе») открыто выражена натурфилософская позиция героя-повествователя, определившая идею произведения: «…И все в природе обретает ту долгожданную миротворность, когда слышно младенчески-чистую душу ее. В такие минуты остаешься как бы один на один с природою и с чуть боязной тайной радостью ощутишь: можно и нужно, наконец-то, довериться всему, что есть вокруг, и незаметно для себя отмякнешь, словно лист или травинка под росою, уснешь легко, крепко и, засыпая до первого луча, до пробного птичьего перебора у летней воды, с вечера хранящей парное тепло, улыбнешься давно забытому чувству – так вот вольно было тебе, когда ты никакими еще воспоминаниями не нагрузил память, да и сам себя едва ли помнил, только чувствовал кожей мир вокруг, привыкал глазами к нему,
