Новая радикальная публицистика и литературная критика «Современника» вызвала неприятие Герцена, выразившееся в статье «Very dangerous!!!» («Очень опасно!!!»), напечатанной в «Колоколе». В июне 1859 г. Чернышевский ездил в Лондон для объяснений по поводу новой позиции журнала. И хотя конфликт казался решённым (выступление Герцена в № 49 «Колокола»), полностью разногласия так и не были устранены.
Политическая программа, проводимая Чернышевским в «Современнике», состояла в необходимости освобождения крестьян с землей без выкупа (или с минимальным, номинальным выкупом), в сохранении крестьянской общины как формы местной власти и экономического самоуправления. Опираясь на теории социалистов, публицист считал, что необходимо соединить труженика и собственника в одном лице, и отдавал предпочтение крупным объединениям собственников-производителей по типу «фаланстер», трудовых общин Фурье. По воспоминаниям членов «Земли и воли» А.А. Слепцова и Л.Ф. Пантелеева, Чернышевский был причастен к этой подпольной политической организации, которая была создана с целью руководства крестьянским восстанием, ожидавшимся к весне 1863 г.
В «Письмах без адреса» (опубликованных за границей в 1874 г.), адресованных, по существу, Александру II, публицист обвинял самодержавие в обмане и ограблении крестьянства. При этом делался вывод в духе Радищева о том, что активизации борьбы народа следует ждать от самой «тяжести порабощения». Чернышевский писал: «Когда люди дойдут до мысли, «ни от кого другого не могу я ждать пользы для своих дел», они непременно и скоро сделают вывод, что им самим надобно взяться за ведение своих дел». Под «делами» подразумевалась крестьянская революция. Поэтому не так уж и ошибался провокатор и доносчик В.Д. Костомаров (подделавший почерк Чернышевского), когда указал на его авторство революционной прокламации, стилизованной под народный, понятный простым мужикам, язык (например, «булгу поднять», т. е. начать бунтовать).
Если Чернышевский и не писал её, созвучие идей было очевидным. В прокламации «Барским крестьянам от их доброжелателей поклон» (1861) содержался призыв воздержаться от неорганизованных беспорядков, а ждать начала общего выступления, когда «доброжелатели», т. е. интеллигенты-революционеры дадут мужикам сигнал к бунту, пришлют свой «поклон». Обстановка была накаленная. К этому добавлялись петербургские пожары. Существует даже версия, что Достоевский лично просил Чернышевского «не поджигать» город. В июне 1862 г. издание «Современника» и «Русского слова» было остановлено на восемь месяцев.
