При митрополите Киевском Петре Могиле (+1647) значительно усиливается духовная и богословская зависимость православной литературы от католических источников. Основанное им училище - Киевская коллегия, была устроена по образцу латинских коллегий, что, естественно, наложило глубокий отпечаток на характер воспитания, преподавания и богословского образования ее учеников. Это сказалось и на апологетических трудах. В Киевской коллегии апологетическое богословие не преподавалось как отдельная дисциплина, но входило в состав лекций по философии, преподаваемой по католическим учебникам. Некритическое отношение к западной богословской мысли ощутимо сказалось и на «Православном Исповедании» Петра Могилы. В этом катехизисе содержатся откровенно католические идеи. Архиеп. Василий (Кривошеин) называет его «ярко латинским документом по форме, а иногда и по содержанию и по духу»[23]. Прот. Г. Флоровский пишет: «В целом «Православное Исповедание» есть только как бы «приспособление» или «адаптация» латинского материала и изложения [к православному учению, оно]… гораздо больше связано с римско-католической литературой, чем с духовной жизнью православия»[24].
Архим. Иоанникий (Галятовский), ректор Киевской коллегии (+1688), писал не только против иезуитов и униатов («Беседа белоцерковская»; «О происхождении Святого Духа»; «Ответ» на книгу иезуита Скарги «Фундамент веры»), но и против мусульман («Алкоран разрушенный», «Лебедь»), и иудеев («Мессия правдивый»).
Однако большая часть южнорусской апологетической литературы XVI-XVII столетий не отличалась оригинальностью. Для полемики с католиками и униатами православные, как правило, пользовались протестантскими источниками, а для полемики с протестантами – католическими, что делало православную литературу такой же схоластической и малоэффективной.
Вторая половина XVII в. жизнь Церкви отмечена прежде всего реформами патр. Никона и старообрядческим расколом, породившим напряженную дискуссию. Появляется большое количество противораскольнической литературы, очень неоднородной по своему содержанию и достоинству. Более значимые труды появились в XVIII - XIX веках.
В 1685 г. в Москве открывается Славяно-греко-латинская школа (с 1814 года – Московская духовная академия), положившая начало систематическому богословскому и светскому образованию в России.
В XVII – XVIII веках Церковь сталкивается с новыми для нее явлениями. В Россию в связи с реформами Петра I активно проникают идеи материализма, атеизма, деизма, масонства, мистицизма и т.д. И борьба с ними, как правило, была очень затруднена. Так, весь тираж полемической книги Евстафия Станевича «Разговор о бессмертии души над гробом младенца» (1818), написанной против идей пиетизма и масонства, был изъят по распоряжению обер-прокурора кн. Голицына (масона), который так отозвался о ней: «
