Католические миссионеры рьяно взялись за обращение в свою веру население Литвы. Чтобы склонить феодалов к переходу в католичество, король 20 февраля 1387 г. дал привилей литовским боярам, принявшим католичество, «на права и вольности», которыми пользовалась польская шляхта. Этот привилей даровал литовским боярам-католикам право неотъемлемого владения и распоряжения своими наследственными имениями. Крестьяне этих имений освобождались от большинства государственных повинностей, кроме строительства и ремонта замков. Почти одновременно был издан другой привилей, который разрешал всем литовцам принять католичество, запрещал браки между литовцами-католиками и православными, а православных, состоявших в браке с католиками, под страхом телесного наказания принуждал к принятию католичества. Имения католической церкви освобождались от всех государственных повинностей, а само духовенство — от юрисдикции светского суда.
Тем не менее большинство православных и язычников в Литве сохранило свою веру. Православным остался даже родной брат Ягайло Скиригайло.
При Ягайло в Литве появились первые «православные мученики», ставшие жертвами католического фанатизма. Видимо, и православные периодически давали отпор. Так, известно, что Андрей Ольгердович, княживший в Пскове, двинулся в Литву и вторично овладел Полоцком. При этом Андрей заявил, что Ягайло, приняв католичество, не имеет более права владеть православными областями. Андрей объединился с немецкими рыцарями, которые опустошили литовские владения больше, чем на сто верст. Война эта кончилась тем, что другой брат Ягайло, Скиригайло, взял Полоцк, захватил в плен Андрея, а его сына убил.
Следствием унии стала и ликвидация удельных княжеств на русских землях, находившихся в вассальной зависимости от великого князя московского.
В 1387 г. у удельного князя острожского Федора Даниловича по приказу Ягайло изымается Луцкая земля и передается во владение «до королевской воли» (то есть во временное владение) Витовту. Старостой же Луцка, то есть соправителем Витовта, Ягайло назначает поляка — сандомирского каштеляна[25] Креслава из Курозвенков. В 1390 г. князь Федор Любартович по воле короля теряет последнюю волость своего Волынского княжества — Владимир Волынский с окрестностями. Так волынские земли перешли в непосредственную зависимость от Польского королевства. Весной 1393 г., потерпев поражение в сражении под Докудовом с войском Витовта и Скиригайло, лишается своего удела новгородсеверский князь Дмитрий-Корибут Ольгердович. Наместником же в Новгородсеверское княжество король назначает утратившего свой волынский удел князя Федора Любартовича.
