В Наркомпросе РСФСР, в коллегии которого она состояла ещё при жизни Ленина, круг её обязанностей с годами всё более и более сужался: сначала её отстранили от пропаганды, затем от борьбы с неграмотностью, потом от управления школами и составления школьных программ. В конце концов в её ведении оказались только библиотеки, контролируя деятельность которых она не могла принести никакого вреда новому вождю Советской России.
Но и на этой должности энергичная Крупская отнюдь не оставалась пассивной «вдовой». Она составляла «чёрные списки» книг, подлежащих запрету и изъятию из библиотек Советской России, включив в них Платона, Канта, Шопенгауэра, Лескова и других крупнейших авторов, что шокировало даже «буревестника революции» Горького. Особенно сильно пострадали детские библиотеки. По приказу Крупской из них были изъяты народные сказки, «Аленький цветочек» Аксакова и даже стихи Корнея Чуковского, которые она называла «буржуазной мутью». «Содержание детской книги должно быть коммунистическое», — требовала Крупская. Сказки в 1930-е гг. были «реабилитированы», но множество книг так и осталось недоступным для читателя. Один из циркуляров, подписанный Крупской, запрещал выдавать читателям Библию и другую религиозную литературу. Крупская была одним из главных инициаторов антирелигиозной кампании. Она не только оправдывала репрессии против Церкви, но и призывала к ним, объявляя христианство «контрреволюционным», антинародным «инструментом насилия господствующих классов».
Своими воспоминаниями Надежда Константиновна немало попортила крови Иосифу Виссарионовичу, который упорно «лепил» из покойного Ленина непревзойдённый образчик гениальности, а из себя — ученика гения. Крупская, например, одним махом развенчала миф о том, что Ленин в Кремле без устали трудился в своём кабинете. «Он обыкновенно часа в два вызванивает: „Что же ты не едешь, мы тебя ждём обедать“. А после обеда ехали за город, в лес». А после её рассказа о том, как голодный Ленин в Смольном стащил селёдку у уборщицы, создаваемый пропагандой образ Ильича разрушился прямо на глазах. Ей не могли не верить, так как знали, что она обладала уникальной памятью и могла повторить только что услышанное практически слово в слово.
Ограничивать её активность в 1930-х пытались с помощью врачей, тем более что Крупская давно числилась тяжелобольной. Но она не верила докторам, понимая, что они могут выполнять приказы Сталина. Так что повлиять на её состояние таким образом не удавалось. Тогда хитроумный вождь придумал другой способ. Бывший директор лаборатории Мавзолея профессор Сергей Дебов рассказывал, что Сталин установил для Крупской специальные часы посещения покойного мужа. Около саркофага ставили стул, и Крупская, хотела она того или нет, должна была провести в Мавзолее отведённое время. Профессор говорил, что Надежда Константиновна разговаривала с Лениным, рассказывала ему что-то, плакала, а потом вдруг смеялась как сумасшедшая. Понятно, что после таких нервных нагрузок здоровья у неё не прибавлялось. И в какой-то момент она согласилась принять помощь врачей, которые рекомендовали ей покой и прекращение всякой работы.
