Письменные объяснения Абакумова, направленные им Сталину 5 июля 1951 года, выглядели путанно. 11 июля постановлением ЦК Абакумов был снят с поста министра и исключён из партии. Его дело передавалось в суд.
17 июля Абакумов был арестован, а 21 августа 1951 года материалы следствия по делу Абакумова были впервые направлены Игнатьевым Сталину, Маленкову и Берии. При этом существенно, что до 12 февраля 1952 года следствие вела Главная военная прокуратура, а не МГБ СССР. Похоже, что таким образом Сталин хотел обеспечить объективность следствия. И если бы военные следователи, которым не было нужды оговаривать Абакумова, ничего не установили, вряд ли следствие так затянулось бы.
Сталин отправился на Кавказ 10 августа 1951 года. По официальным данным, он вернулся в Москву 22 декабря 1951 года, но по другим данным, он находился на Кавказе и в начале 1952 года. Во всяком случае, он не принимал у себя в кремлёвском кабинете никого до 12 февраля 1951 года. Причин отстранения Сталина от повседневного потока московских дел могло быть несколько, в том числе и та, что он тщательно изучал следственные дела Абакумова и ряда его подчинённых, арестованных вместе с Абакумовым.
Так или иначе, 12 февраля 1952 года Сталин собрал в 22 часа у себя Булганина, Берию, Маленкова, Молотова, Микояна, Кагановича и Хрущёва, то есть всё Политбюро кроме Ворошилова, Андреева и Косыгина. Отвлёкшись на пять минут на первого заместителя министра авиационной промышленности Дементьева, Сталин затем провёл жаркое совещание, на котором с 22.10 до 23.05 присутствовали и Игнатьев с Рюминым. Последние десять минут перед тем, как все разошлись, министр ГБ и его новый заместитель в сталинском кабинете отсутствовали. Похоже, разговор был у Сталина со своими ближайшими сотрудниками не для ушей даже двух главных тогдашних чекистов.
В ту ночь 12 февраля 1952 года и было принято постановление Политбюро об изъятии «дела Абакумова и его группы» из Прокуратуры СССР и передаче его в ведение МГБ СССР.
Начался новый этап в деле Абакумова, который продолжался год. В этот же период начинается следствие и по делу врачей из Лечебно-санитарного управления Кремля (ЛСУК).
27 октября 1952 года Сталин имел отдельный разговор с Маленковым и Берией.
3 ноября 1952 года Сталин долго беседовал наедине с Маленковым, а затем в присутствии Маленкова — с Игнатьевым и его заместителями Рясным, Гоглидзе и Рюминым.
12ноября 1951 года был снят Рюмин. 13 ноября он обратился с запиской к Сталину, из которой можно было понять, что Сталин был недоволен ходом следствия по делу Абакумова и делу врачей из Лечсанупра.
