Но затем вскрылись ещё более неприглядные вещи. В августе 1949 года проверкой была установлена массовая систематическая «пропажа» из Госплана секретных документов. Всего за 1944–1948 годы пропало более двухсот секретных и совершенно секретных материалов (в 1944 — 55, в 1945 — 73, в 1946 — 49, в 1947 — 19 и 1948 — 19). В числе «утерянных» были, например, Государственный план восстановления и развития народного хозяйства на 1945 год на 209 листах, комплексный план материально-технического обеспечения Наркомата цветных металлов, Наркомата химической промышленности и НКВД на 1 квартал 1946 года на 88 листах, часть отчёта о работе радиолокационной промышленности за первое полугодие 1947 г.; проект постановления о балансе и плане распределения чёрных металлов на 1948 года на 6 листах и т. д. При этом в Госплане работало значительное число сотрудников, имевших родственников за границей (главным образом в США) и поддерживавших с ними письменную связь.
Первого сентября 1949 года Вознесенский обратился с невнятными оправданиями к Сталину, но 11 сентября Политбюро приняло постановление о предании суду Вознесенского и ещё четырёх ответственных работников Госплана «ввиду особой серьёзности нарушений закона в Госплане». 27 октября 1949 года Вознесенский был арестован. Нередко его арест выдают как прямо связанный с «ленинградским делом», хотя Вознесенский был арестован по «делу Госплана».
Ещё раньше, 15 февраля 1949 года, были сняты с должностей секретарь ЦК А.А. Кузнецов, а также П.С. Попков (1903–1950) — с поста первого секретаря Ленинградского обкома и горкома и М.И. Родионов (1907–1950) — председатель Совета Министров РСФСР. Попков и Родионов были направлены на учёбу на партийные курсы при ЦК. Как показали те же оперативно-чекистские мероприятия по прослушиванию, выводов для себя они не сделали и винили в своих бедах Сталина.
23 июля 1949 года МГБ арестовало бывшего второго секретаря Ленинградского обкома партии Я.Ф. Капустина (1904–1950), отстранённого вместе с Попковым 15.02.49 г. и тоже направленного на партийную учёбу. Капустин был заподозрен в связях с английской разведкой, основания чему были (в 1933–1936 годах он находился на инженерной стажировке в Англии).
13 августа 1949 года Кузнецов, Попков и Родионов тоже были арестованы, и началось следствие по непосредственно «ленинградскому делу».
Для Маленкова и Берии, как и для самого Абакумова, все эти аресты были абсолютно не нужны, поскольку государственное влияние Вознесенского и Кузнецова было и без того коренным образом подорвано. Для Абакумова арест Кузнецова был даже нежелателен, так как в ходе следствия Кузнецов мог подчёркивать их хорошие отношения.
