Легенда повествует, что храм Покрова на Нерли был посвящен победоносному походу владимиро-суздальских полков в Волжскую Булгарию в 1164 году, который закончился для русских ратников победой. Косвенным указанием на связь праздника и церкви Покрова с военными походами дружин князя Андрея Боголюбского могут служить зарисованные в XIX веке фрагменты фресок на барабане храма, ныне уже утраченные. В простенках между окнами здесь помещались не апостолы и не пророки, а мученики похода "за веру христианскую". Павшие русские воины (среди них княжич Изяслав — сын Андрея Боголюбского) и должны были быть сопричислены к лику мучеников.
Старинное предание повествует, что строили храм из камней, которые болгары в качестве своего рода контрибуции доставляли по Волге для возведения Успенского храма во Владимире. Река Клязьма, выше впадения в нее Нерли, менее глубока, и потому в этом месте камни перегружали на другие суда. И повелел князь Андрей десятую часть этих камней откладывать на берегу — для сооружения храма во имя Покрова Пресвятой Богородицы.
Получилась церковь Покрова на Нерли так легка и светла, словно сложена она не из тяжелых каменных квадров. Строили ее иностранные мастера (по словам летописей, "из немецъ"), украсившие храм прекрасными рельефами, тоже высеченными из камня. Но рельефы эти — не самостоятельная, не отдельная иллюстрация; они словно вырастают из самого храма, составляя с ним единое целое. В причудливом хороводе, опоясывая церковное здание, перемешались, переплелись образы, в строгом порядке застывшие на плоскости стен: то спокойные девичьи лица, то характерные физиономии львов, то фигурки грифонов или птиц, то тупоносые морды драконов — скорее смешных, чем страшных. Вытянутые в единую цепочку, они символизируют единство мира в его многообразии — мира сказочного, полного чудес и красот. Такое мироощущение было лаконично сформулировано еще в поэтических вопросах и толкованиях "Беседы трех святителей": "Что есть дивнее всего человеку?" — "Небо и земля дивны и все дело Вышнего".
После смерти князя Андрея Боголюбского заброшенный храм остался стоять на отшибе, подвергаясь всевозможным разграблениям. Устроилась было вокруг него небольшая иноческая обитель, но в 1764 году ее упразднили, а здания передали Боголюбовскому монастырю. Земли обители отдали во владение крестьянам располагавшегося неподалеку села Новое, а через двадцать лет "рачительный" игумен Боголюбова монастыря просил у духовного начальства разрешения на разборку старинной церкви, чтобы начать возведение монастырской колокольни и новых келий для братии. Разрешение епархиального начальства было получено, и уже найден был человек, который сколотил по окрестным деревням артель, и вскоре застучали ломы по древним камням храма. Однако хрупкая на вид церковь не поддавалась, так как крепчайший раствор намертво связал каменные блоки в стенах метровой толщины. Работники запросили двойную цену, игумен отказался, и церковь, бывшая на краю гибели, промыслом Божиим уцелела. Правда, в другой версии рассказывается о том, что как только крестьяне начали разбирать церковь, и когда один из них залез наверх и стал снимать крест, как тут же ослеп. Его с трудом сняли, и после этого уже никто не решился на подобное святотатство.
