Со временем рухнули княжеский дворец и надвратная церковь с древними воротами, но мистическое значение Боголюбова для земли Русской не иссякло с гибелью князя Андрея. Собор, хоть и сильно обветшавший, стоял до середины XVI века. И стоял крепко, так как дошедшее до нашего времени основание лестничной башни, рассчитанное на легкое ажурное навершие, держало взгроможденную на него в середине XVIII века массивную колокольню.
Конечно же, под влиянием времени и некоторых неискусных реставраций прежний вид Рождественского храма изменился. А в конце XVII века, когда был изобретен дешевый способ производства стекла, игумен Ипполит решил для "большей светлости" растесать щелевидные окна церкви, чтобы в новые окна вставить стекла, и выломать хоры. От таких перестроек Рождественская церковь в 1722 году рухнула, и, по преданию, все Боголюбово в тот день было покрыто известковой пылью.
В 1756–1765 годы, при игумене Иннокентии, к северной (уцелевшей) части храма в стиле барокко была пристроена новая (нынешняя). Но к тому времени уже перевелись искусные умельцы-камнесечцы, да и денег больших у монастыря не было, к тому же и прежний раствор, скреплявший камни, был утерян. Однако мастера старались сохранить все, что только можно было сохранить: основание старого собора с фигурным цоколем, до половины сложенные на прежнем фундаменте стены, несколько резных масок на западной стене и пр.
В 1683 году возле южной стены монастыря — на месте деревянной церкви мученика Леонтия, возведенной еще Андреем Боголюбским, была возведена Благовещенская трапезная церковь. Но в 1804 году ее весьма значительно перестроили, отчего она утратила свой первоначальный вид.
В Свято-Боголюбовом монастыре долгое время хранилась грамота 1489 года, которая была выдана великим московским князем Иоанном III игумену и братии монастыря. Согласно этой грамоте, монастырские священнослужители должны были участвовать в торжественных богослужениях и панихидах, которые совершались во Владимирском Успенском соборе в дни поминовения владимирских князей и епископов. Эта же грамота закрепляла за обителью владение многочисленными селами, лесами и пустошами. Позднее эти пожалования и права монастыря были подтверждены грамотами и других русских князей и царей. Так, в сохранившемся тексте указа царя Алексея Михайловича подтверждались "рыбные ловли в реке Клязьме, предоставленныя братии Боголюбова монастыря".
А так как обитель стояла на оживленной дороге, которая вела в Нижний Новгород и Казань, то цари, князья и другие именитые лица часто посещали монастырь. Так, в 1690 году (по пути во Флорищеву пустынь) в Боголюбовом монастыре останавливался царь Федор Алексеевич, оставивший на украшение Боголюбской иконы Божией Матери свой золотой наперсный крест, украшенный драгоценными камнями. В 1690 году в монастырь приезжал Петр I, приславший потом в дар часы с боем, изготовленные шведским мастером. С учреждением в царствование Екатерины 11 монастырских штатов крестьяне Боголюбовой обители поступили в казенное ведомство. А император Павел I, посетивший обитель в 1789 году (вместе с сыновьями) по пути в Казань, подарил монастырю мукомольную мельницу.
