Никита Пустосвят не только остался непреклонным, но бранными словами стал уличать архиереев в невежестве. Тогда Собор решил отлучить его от Церкви и заточить в темницу Николо-Угрешского монастыря. Никите грозила смертная казнь, и ради спасения жизни ему пришлось формально покаяться. В челобитных Собору и государю он просил о прощении, и 26 августа 1667 года по приказу царя его освободили и привезли в Москву, но сан не возвратили.
С тех пор и до начала стрелецкого восстания 1682 года о Никите Пустосвяте ничего не было слышно, хотя он оставался едва ли не последним крупным "расколоучителем", оставшимся в пределах русского государства.
Царь Алексей Михайлович умер, не оставив распоряжения о том, кто же должен будет занять престол. Наследник престола — царь Федор Алексеевич — скончался, тоже не утвердив за Петром царского достоинства, и царевна Софья подняла стрельцов на бунт. С.М. Соловьев в своем многотомном сочинении "История России с древнейших времен" писал, "что были еще люди… которые, по указанию царевны Софьи, хотели ухватиться за стрелецкие копья, чтобы выйти из тяжелого положения, дать торжество своему делу. Стрельцы избили бояр, возвратили старшинство старшему царевичу (Иоанну): они сильны поднять и старую благочестивую веру, которую гонят никонианцы".
Столица Московского государства была объята стрелецкими волнениями. В Титовом стрелецком полку уже на третий день после бунта рассуждали о том, чтобы подать челобитную, чтобы власти и патриарх открыто дали ответ о причинах их ненависти к старым книгам и обрядам. Челобитную властям весьма искусно составил инок Сергий из Олонецкого края; выслушав ее, стрельцы решили: "Подобает, братия, постоять за старую веру и кровь свою пролить за Христа-света; за тленное было головы свои положили, за Христа-света отчего не умереть!".
Никогда — ни раньше, ни позже — приверженцы старой веры не имели такого влияния и не получали такой, казалось бы, совершенно невероятной возможности — придти в царские палаты и в присутствии правительницы Софьи вступить в спор с патриархом. По совету князя Хованского (начальника Стрелецкого приказа) для участия в предстоящих прениях и был приглашен известный своим ораторским искусством суздальский священник Никита, который вошел в историю с именем Пустосвят. Старообрядцы признавали Никиту "столпом правоверия", церковные иерархи — "грубым, вредным и невежественным расколоучителем" (отсюда и значение его прозвища).
