Развернувшаяся на рубеже XV–XVI веков борьба стяжателей и иосифлян не обошла стороной и эту обитель. Стяжательство вызывало большое озлобление крестьян, которые при всем своем благочестивом уважении к монастырям, постоянно спорили и судились с ними. Нередко крестьяне поджигали принадлежавшие им угодья, даже прогоняли монахов (особенно вновь появлявшихся отшельников) и не дожидались, чтобы вокруг них собирались такие же страстные любители смиренной жизни. Так, в 1503 году Спасо-Евфимиев монастырь возбудил судебное дело против Михалка Жука Насонова, который два года жил в деревеньке Ильинское, принадлежавшей обители. За год до суда он вышел вон, и монастырский старец взял с него две полтины денег, а поле его яровое засеял рожью. В ответ Михалко сжег всю деревню — с житом и прочим имуществом. Когда его привлекли к суду, он чистосердечно во всем сознался, и суд постановил "монастырскую гибель доправить" (возместить причиненные убытки. — Н.Н). Но у Михалка не оказалось ни денег, ни поручителей, и его выдали монастырю с головой до "искупа вины".
К XVI веку Спасо-Евфимиев монастырь сделался одним из самых крупных не только в Суздале, но входил в число самых богатых монастырей России. Он владел целой "армией" крепостных крестьян (10 000 человек), а также прекрасными пастбищами, земельными и водными угодьями. Благодаря своей экономической мощи обитель в XVI–XVII веках развернула на своей территории интенсивное каменное строительство.
Стены святой обители были свидетелями многих событий русской истории. Так, в Смутное время в монастыре стоял лагерь польского пана Лисовского, о чем уже говорилось ранее. Некоторое время в монастыре скрывался беглый инок Григорий Отрепьев, а впоследствии здесь же оплакивала злосчастную судьбу свою Ксения Годунова.
В начале XVII века польско-литовские захватчики уничтожили деревянные стены и башни монастыря, и вместо них во второй половине того же столетия была воздвигнута мощная каменная стена с двенадцатью башнями. Главная (проездная) башня была обращена к городу. Квадратная в плане, она расположена весьма необычно — под углом к стене. Верх этой 22-метровой башни почти сплошь покрыт узором и украшен изразцовым поясом.
В 1689 году соборный храм был расписан внутри дружиной костромских иконописцев, которую возглавлял знаменитый мастер Гурий Никитин. Фрески, покрывающие все стены и свод собора, похожи на громадный ковер. Главным является цикл росписей, изображающих страсти Христовы и апофеоз Спасителя по Вознесении.
