.
Одновременно произошли изменения в руководстве наркоматом обороны. С должности наркома был снят Ворошилов, которого в мае 1940 г. сменил Тимошенко. Новое назначение получил и Василевский, которому в апреле присвоили воинское звание комдива, 21 мая по инициативе Шапошникова был назначен заместителем начальника Оперативного управления Генштаба. На него была возложена работа над оперативным планом по северному, северо-западному и западному направлениям. По юго-западу и Ближнему Востоку подобную работу осуществлял заместитель начальника Оперативного управления Анисов.
С учетом опыта войны с Финляндией была проведена реорганизация Генштаба. 26 июля маршал Тимошенко подписал приказу № 0037, согласно которому в состав Генштаба включалось 5-е управление, Главное управление Красной Армии расформировывалось, а его функции и дела передавались Генштабу. Окончательно структура Генштаба была определена приказом № 0038 наркома обороны. В состав Генштаба вошли восемь управлений (оперативное, разведывательное, организационное, мобилизационное, военных сообщений, устройства тыла и снабжения, по укомплектованию войск, военно-топографическое) и три отдела (укрепленных районов, военно-исторический и кадров)[15]. Таким образом, решение всех вопросов боевой подготовки войск, строительства Вооруженных Сил, мобилизационного и оперативного планирования было возложено на Генштаб. Заместителями начальника Генштаба были назначены генерал-лейтенанты И. В. Смородинов, Н. Ф. Ватутин (он же начальник Оперативного управления) и Ф. И. Голиков (он же начальник Разведывательного управления).
Если Генеральный штаб являлся «мозгом армии», то Оперативное управление было «мозгом» Генштаба. А. М. Василевский, являясь заместителем начальника этого управления, принимал активное участие в разработке ряда важных документов, касавшихся руководства вооруженной борьбой и стратегического развертывания Вооруженных Сил.
Одной из проблем, которая не была решена до нападения нацистской Германии на Советский Союз, является проблема организации руководства вооруженной борьбой в ходе войны. В 1978 г. в «Военно-историческом журнале» (№ 2) были опубликованы ответы А. М. Василевского на письма читателей его книги «Дело всей жизни». Все вопросы Александр Михайлович объединил в четыре группы. Одна группа вопросов звучала так: «Меня, например, как старого работника Генерального штаба, принимавшего прямое и непосредственное участие в разработке оперативно-стратегического плана войны с фашистской Германией, спрашивают: рассматривался ли в предвоенные годы высшим партийным, государственным и военным руководством вопрос о том, как будет осуществляться руководство вооруженной борьбой в будущей войне?» Отвечая на этот вопрос, Василевский подчеркнул, что в мае 1940 г. по указанию начальника Генштаба был подготовлен для доклада в Политбюро ЦК ВКП(б) проект решения о создании Главного командования на период войны. «Однако в Политбюро этот проект окончательно принят не был, — отмечает Александр Михайлович, — в силе осталось существовавшее положение, что боевыми действиями в случае большой войны будет руководить Главный Военный Совет во главе с народным комиссаром обороны. С такой структурой стратегического руководства мы и встретили войну с Германией. Правда, просуществовала она только несколько дней. Уже на второй день войны принимается решение о создании более эффективного высшего органа руководства ведения вооруженной борьбы, проект которого был разработан Генштабом еще до войны».
