Тем не менее до начала Великой Отечественной войны «довести до ума» новосозданные летные училища не удалось: учебные помещения и аэродромы во всех вновь созданных вузах не были оборудованы в полной мере, размещение личного состава не обустроено. Имел место некомплект инструкторов и преподавателей, в летных училищах хотя и насчитывалось более трех тысяч самолетов, однако абсолютное их большинство было представлено безнадежно устаревшими типами и сильно изношено. Новая техника направлялась в строевые части на их перевооружение, а старые самолеты, часть которых должны были пойти в учебные заведения, еще не были списаны.
Интенсивное развертывание сети новых учебных заведений ВВС потребовало изменения и порядка их комплектования переменным составом. Хотя по-прежнему интенсивно работал Осовиахим (только в 1938—1940 гг. аэроклубы страны направили в авиационные учебные заведения более 24 тыс. человек), однако этого было явно недостаточно. Поэтому начиная с декабря 1940 года авиационные училища, школы летчиков и пилотов стали комплектоваться за счет лиц, призывавшихся в армию, которые направлялись в одну из 20 специализированных школ (спецшкол) ВВС, созданных в системе наркоматов просвещения РСФСР и УССР на основе Постановления СНК СССР от 6 ноября 1940 года. В эти школы военизированного типа по направлению военкоматов набирались юноши с семилетним образованием, имевшие хорошие и отличные оценки. В спецшколе за три года они получали полное среднее образование и начальную военную подготовку с летной практикой, что позволяло им впоследствии успешно осваивать программы училищ и школ ВВС. Спецшколы ежегодно направляли в вузы ВВС не менее 1600 человек в качестве абитуриентов, в том числе 75— 80% — в школы первоначального обучения.
Одновременно в соответствии с Постановлением СНК СССР от 5 ноября 1940 года в 47 учебных авиационных эскадрильях ГВФ была организована первичная подготовка пилотов на самолетах У-2. К 1 октября 1941 года в этих эскадрильях прошли обучение 9910 человек, из которых 7756 были направлены в летные школы ВВС.
Новая система потребовала изменения учебных планов и программ обучения. В 1941 году они были разработаны для всех новых типов вузов ВВС. Непосредственно перед войной, в апреле 1941 года, был утвержден новый курс учебно-летной подготовки. По указанию ЦК ВКП(б) Главное управление ВВС разработало сокращенные программы подготовки летных кадров на военное время —10- и 6-месячные.
