.
Начало русско-японской войны застало Колчака в Якутске. В срочной телеграмме в Академию наук 28 января 1904 г. он просит разрешения выехать в эскадру Тихого океана и получает согласие. В марте он вступил в брак с Омировой[25], сдал дела экспедиции своему помощнику П. В. Оленину, выехал в Порт-Артур и вскоре явился к командующему флотом Тихого океана вице-адмиралу С. О. Макарову. Лейтенант был назначен вахтенным начальником на крейсер "Аскольд", в апреле переведен на минный транспорт "Амур", а затем стал командиром эсминца "Сердитый"[26], который совершил ряд смелых атак на японскую эскадру. Под командованием Колчака была поставлена к югу от устья Амура минная банка, на которой подорвался японский крейсер "Такасаго".
В воспоминаниях контр-адмирала С. Н. Тимирева говорится о плане экспедиции для прорыва блокады Порт-Артура с моря и активизации действий против японских транспортов в Желтом море и на Тихом океане. В разработке плана участвовал и Колчак. Сменивший погибшего Макарова адмирал В. К. Витгефт отменил реализацию плана. В ноябре 1904 г. Колчак был назначен командиром 120-мм и 47-мм батарей на северо-восточном крыле крепости Порт-Артур с прикомандированием на довольствие к броненосцу "Ретвизан"[27]. Для поджога японских укреплений Колчак попытался использовать керосиновые гранаты, но безрезультатно. С 3 по 21 декабря 1904 г. он вел дневник. Есть в нем и такая запись: "У нас много новых заболеваний цингой среди команды, и число цинготных теперь не менее 30 %. Люди постоянно простужаются, не имея теплого платья, едят одну… живут черт знает в каких-то землянках — понятно и заболевают цингой".
А вот описание дня капитуляции Порт-Артура: "Редко кое-где слышались отдельные ружейные выстрелы или отдельные удары взрывов; Порт и город скрывались в густом тумане и дыме горевших судов. Получено вторичное приказание ни под каким видом не открывать первыми огня — очевидно, японцы получили такое же приказание… После полдня мертвая тишина — первый раз за время осады Артура… Объявлено перемирие по случаю переговоров о капитуляции крепости. Около 10 ч. утра "Севастополь" показался перед входом во внутренний рейд — и стал тонуть, через 5 минут он исчез под водой. Суда взорвали… Вечером известили нас, что крепость сдалась, и получили приказание ничего более не взрывать и не портить… Флот не существует — все разрушено и уничтожено; вход в Гавань прегражден затопленными мелкими судами, кранами и землечерпательными машинами; 4 миноносца ушли ночью в Чифу, кажется с 2 минными катерами"
