Обрамление капеллы Сан Фернандо относится к более позднему времени и выполнено уже в XIV веке в стиле мудехар [12]. Прекрасным образцом этого стиля являются и двери колокольни собора — Пуэрта дель Пердон, ведущие в Апельсиновый двор, созданные в 1377 году. И хотя в эту эпоху город уже более века был свободен от арабов, оформление капеллы и двери говорит о преобладающем влиянии мавританского искусства.
Значительная часть пристройки мечети с востока по времени относится к последнему периоду расцвета Кордовского халифата. Это время правления везиря Ал Мансура, более известного под именем Альмансора. Интересна его судьба. Вначале Ал Мансур был начальником гвардии Хишама II, а затем стал главой государства и держал в заточении наследника престола. Необычно расширились при нем границы Кордовского халифата. Ал Мансур приказал увеличить мечеть, которая получила теперь восемь новых нефов по всей длине восточной стороны. Для этого был использован материал разрушенных испанских построек в завоеванных арабами областях. Так завершилось многовековое строительство здания. Правда, незначительные переделки и добавления продолжались вплоть до занятия города войсками Фердинанда III, но они не могли существенно изменить общий облик мечети.
Основные переделки происходят позже. Мечеть нужно было приспособить под христианский храм. Уже в XIII веке были заложены пролеты, соединявшие внутреннее помещение с Апельсиновым двором. Богатые семьи стали строить вдоль внутренних стен мечети свои самостоятельные капеллы, не меняя, однако, ее общей планировки. Существенные изменения произошли уже в XVI столетии. По плану Э. Руиса [13] внутри мечети была сооружена церковь. Ее стены были выше кровли мечети, хотя архитектор и старался использовать уже имезшиеся конструкции и по возможности сохранить прежний облик здания. Население Кордовы выступило против строительства церкви. После долгих дебатов архиепископ обратился к императору Карлу V, который дал согласие на строительство церкви внутри мечети. Однако, посетив в 1526 году Кордову, Карл V сказал, что никогда бы не согласился на изменение старого здания, если б видел его раньше. Ему приписывают слова: «Вы построили то, что можно построить где угод но, и разрушили то, что было единственным в мире». Однако запоздалое сожаление императора уже ничего не могло изменить. Внутри неповторимого величайшего памятника древней архитектуры была построена ничем не примечательная готическая церковь. Так заканчивается многовековая история Кордовской мечети, превращенной в собор. Но позднее с ее историей оказались связанными имена двух кордовских художников и поэта Гонгоры
