План святилища выглядит как «триконх» — трилистник и состоит из пяти полукруглых апсид, в каждую из которых можно попасть из коридора, протянувшегося от входа до задней части храма. По две апсиды расположены на каждой стороне этого прохода и одна — в конце. В первой из апсид слева сохранились следы красной штукатурки, некогда украшавшей интерьер святилища.
Пара внутренних апсид больше, чем внешние: каждая из них имеет протяженность 23,5 метра. В левой апсиде можно видеть уцелевший практически в первозданном виде алтарь. На полу множество углублений — это так называемые отверстия для возлияний. Они служили вместилищами крови жертвенных животных.
Самая поразительная особенность Джгантии — это ограда, которая окружает участок, на котором стоят оба храма. Некоторые из камней, вертикально стоящих в ограде, достигают 5,5 м в длину и весят не менее 50 тонн.
Другой храмовый комплекс — Тарксиенна — вершина творчества мальтийских архитекторов каменного века. Это фактически три храма в одном. Хотя Тарксиенна сохранилась до наших дней гораздо хуже, чем Джгантия, ее руины все еще производят внушительное впечатление. В апсиде третьего храма Тарксиенны сохранилась нижняя часть колоссальной статуи богини. (Ее оригинал хранится в Национальном музее в столице Мальты Ла-Валлетте, а в храме установлена ее точная копия.) Уцелевшая часть статуи состоит из нижней части плиссированной юбки, из-под которой видны босые ноги богини. Вся статуя, по мнению исследователей, достигала около 2,7 м в высоту. Есть версия, что вся территория архипелага была неким сакральным местом, обиталищем великой богини и ее жриц, поклонниц некоего древнейшего средиземноморского культа.
Рядом с этим колоссом возвышается каменный алтарь, украшенный спиральными орнаментами. В передней части алтаря внизу имеется отверстие, которое было плотно забито камнем. Когда археологи расчистили его, то нашли многочисленные кости и рога животных и кремневый нож для жертвоприношений. В одной из апсид сохранилась каменная чаша, достигающая 1 м в высоту и 1 м в ширину. Она была вырезана из одного блока камня.
Исследователи давно обратили внимание на ряд особенностей мальтийских мегалитических храмов. Не вызывает сомнений, что их строители весьма тщательно выбирали место для закладки будущего храма. Они не только аккуратно вписывали свои циклопические постройки в окружающий пейзаж, но и «привязывали» их к небесам — исследования показали, что один из сохранившихся храмов — Мнайдра — связан с днями солнцестояний и равноденствий: в дни солнцестояний лучи солнца падают прямо на главный алтарь святилища.
