Эхнатону было около тридцати шести лет, когда родилась его пятая дочь. Верный традициям династии, он мечтал о сыне как о продолжателе его дела, но на четырнадцатом году правления родилась шестая дочь, а в следующем — седьмая, последняя. Так фараон и умер, не оставив наследника.
Домашней жизни Эхнатона уделялось большое внимание. Ни одного фараона, безусловно, не изображали столь часто в непринужденной семейной обстановке. На резных изображениях он часто обнимает свою красавицу-жену Нефертити, и эта поза совершенно необычна для египетского искусства. Нередко эту пару представляли играющей с детьми.
На пятнадцатом году царствования Эхнатон приступил к сооружению своей гробницы, но этому строительству не суждено было завершиться, и в конце концов тело фараона поместили в усыпальницу его матери, где его и нашли в 1907 г.
Последние два года царствования Эхнатона можно было бы охарактеризовать как период разочарования. Созданная им религия оказалась недостаточно сильной, чтобы противостоять вездесущему жречеству Амона. Лишь очень немногие самые умные египтяне могли понять то, чему он учил. Мир оказался не готовым к владычеству любви. В дополнение ко всем остальным затруднениям над страной нависла угроза войны. Вторжение хеттов из Сирии ускорило наступление конца. Появились заговорщики, и вассальные страны, искавшие защиты у Египта, напрасно посылали гонцов. Правители провинций умоляли о помощи в борьбе с захватчиками и предателями, но Эхнатон никак не хотел посылать войска. Для царя-мечтателя Атон был единым отцом всех людей, и этот вечно живой Бог не разрешал воевать и мародерствовать. Фараон занимал твердую позицию, но эта непреклонность оказалась совершенно бесполезной. Его города были завоеваны; доходы постепенно перестали поступать, потому что у его управляющих уже не было провинций, которые можно было облагать налогами. И через каких-нибудь два года пышная империя Тутмоса III обанкротилась.
Напряженность этого смутного времени унесла ту толику здоровья, которая еще сохранялась у фараона. Эхнатон умер в то же время, когда рухнула его империя. Похоже, его кончина была внезапной, так как современные ученые, обследовавшие его мумию, полагают, что причиной смерти был удар. Тело не смогло дольше выдерживать тревогу и скорбь разбитого сердца.
В надписи на передней стороне гроба его называют так: «Эхнатон, Прекрасное Дитя Живого Атона, чье имя будет жить в веках». Как удивительно печально, как удивительно прекрасно звучит молитва Единому Вселенскому Отцу, записанная на золотой фольге, найденной под ногами мумифицированного тела Эхнатона:
