Весь первый семестр Том отчаянно скучал без матери и сестер. В период с сентября по декабрь (до Дня Благодарения в конце ноября) для посещений было отведено только три дня.
Тому разрешили уехать домой на два дня для празднования Дня Благодарения. Ему так хотелось подольше побыть с семьей, но Мэри Ли, которая понимала, что семинария была для Тома лучшим местом обитания, нежели улицы Луисвилля, несомненно беспокоилась. До конца семестра Том считал дни, когда он снова сможет уехать домой.
Но хотя Том и скучал по маме и сестрам, он чувствовал себя на редкость комфортно в присутствии монахов-францисканцев. В результате обучения в семинарии он получил солидное образование, возможно впервые в жизни.
Однако возраст брал свое, и разум мальчика переключался на нечто менее серьезное, чем сан священника. Том был робок и боялся не понравиться девушкам из-за низкого роста. Он даже спросил у одного из святых отцов: «Когда мной будут интересоваться девушки?» В конце концов, идея безбрачия не казалась ему такой уж привлекательной.
Следующий семестр Том провел, тайно посещая дома местных девушек. «Мы ходили в гости к девушкам, сидели, разговаривали, играли в бутылочку, и я начал понимать, что слишком люблю женщин, чтобы отказаться от них», — вспоминал Том Круз позднее.
Школа при семинарии св. Франциска закрылась в 1980 году, потому что число учащихся сократилось до 50 человек и содержать школу стало экономически нецелесообразно.
За год обучения Том ни разу не встретился с духовным наставником семинарии, отцом Кистнером, который позже горько сожалел, что Том утратил свой интерес к религии.
В 1988 году на съемках фильма «Человек дождя» некоторые сцены происходили прямо в стенах семинарии. Фильм решили снимать в монастыре вблизи Креснт Спрингс, и монахи рассказывали Кистнеру, что на съемках Том был тихим и молчаливым в отличие от Дастина Хоффмана, который развлекал сестер рассказами о Голливуде.
Так или иначе, одного года в семинарии было для Тома более чем достаточно. Он назвал этот год «лучшим в своей жизни школьным годом».
После возвращения домой на каникулы они, с Джеффом Байерсом «позаимствовали» машину Мэри Ли, чтобы покататься, хотя ни один из них не умел водить. Это происшествие могло бы печально кончиться, но на этот раз все обошлось.
В этот период Мэри Ли пытается устроить свою личную жизнь, найти человека, который стал бы поддержкой и опорой для нее и детей. И когда Тому исполнилось 16, Мэри Ли вышла замуж за Джека Саута. Поначалу Том страшно боялся отчима. Ему сложно было принять в свою семью чужого человека.
