Сложной обстановкой в республике не могли не воспользоваться немецкие спецслужбы. На Кавказ они забрасывали террористические группы из числа бывших военнопленных и дезертиров, сотрудников абвера. Только летом 1942 года было заброшено четыре такие группы. Они входили в тесный контакт с местными антисоветскими формированиями, совершая террористические и диверсионные акты. Для борьбы с десантами противника и поддержания порядка в прифронтовой полосе Северо-Кавказского региона ГКО образовал 12 истребительных батальонов.
С приближением фронта к Северному Кавказу обстановка в Чечено-Ингушетии еще больше обострилась. Уже к концу 1941 года в республике действовало около 20 террористических групп. На их счету было несколько убийств, носивших явно демонстративный характер: республиканского прокурора Газиева, народного судьи Албогачиева, начальника милиции Хуптаева… Поданным НКВД, с сентября 1942 по февраль 1944 года на территории республики было ликвидировано 87 террористических групп, арестовано около 300 повстанцев.
Всего в результате проведения войсковых операций в Чечено-Ингушетии с июня 1941 по январь 1945 года было ликвидировано 232 террористические группы, 1815 террористов-одиночек. Арестовано 1714 их пособников. Изъято 18 046 автоматов и 11 366 винтовок.
Руководство страны искало выход из создавшегося положения. Как свидетельствуют документы, во многом на принятие решения о депортации чеченцев и ингушей повлияла в значительной степени искаженная оперативная информация по линии НКВД о десятках тысяч бандитов в республике, о многочисленных немецких десантах в горах, действующих вместе с ними. Сказалось также особое отношение Сталина и его соратников к вайнахам как носителям идей открытого сопротивления методам сталинской национальной политики, стремление произвести акт возмездия и преподнести урок другим народам.
Уже в ноябре 1943 года план переселения чеченцев и ингушей обсуждался на совещании начальников УНКВД ряда краев и областей Сибири, куда предполагалось выселить эти народы. Местами переселения также были определены Казахстан и Киргизия. В середине декабря 1943 года этот план был окончательно утвержден.
Будущая операция должна была быть проведена скрытно. В январе 1944 года Совнарком Чечено-Ингушской АССР и обком партии приняли совместное решение «Об обеспечении подготовки тактических учений войсковых частей СКВО в горных условиях». А к концу января в республике уже находилось около 100 тысяч военнослужащих частей НКВД и почти 19 тысяч работников НКГБ и СМЕРШа. Такой концентрации войск Чечено-Ингушетия раньше не знала.
