Деятельность МГШ началась 2 мая 1906 г. Естественно, что некоторое время заняло решение организационных вопросов — предстояло создать пять отделений: оперативное, русской и иностранной статистики, мобилизационное и архивно-историческое, но сначала были сформированы первые три.
2 октября 1906 г. начальник МГШ капитан 1-го ранга Л.А. Брусилов сформулировал недостатки существующей организации морского ведомства во всеподданнейшем докладе «О состоянии, воссоздании и реорганизации флота»[166]. В докладе анализировался наличный состав русского флота, подчеркивалось отсутствие постоянной организации кораблей в соединения, нехватка специалистов и другие недостатки «плавающего» флота. Главными изъянами системы центрального управления флотом Л.А. Брусилову представлялись: излишняя централизация «системы управления 1886 г.», смешение разнородных обязанностей, отсутствие «основной идеи» организации, искусственное возвышение хозяйственной части над строевой[167].
Обращаясь к иностранному опыту, автор доклада замечал, что «в германском, японском и итальянском» флотах имеются три «отрасли» военно-морского управления: Генеральный штаб, которому принадлежала «военная инициатива», «плавающий» флот — «действующая сила» и центральные и портовые управления, «органы, обслуживающие флот». Итальянский флот попал в этот ряд явно по недоразумению. Выше (см. с. 42) уже разбиралась организация управления им и было показано, что она существенно отличалась от германской или японской. В позднейших документах итальянский флот в числе «образцовых» не фигурировал.
Эти три отрасли должны быть независимыми и контролировать друг друга. Л.А. Брусилов подводил основания «равноправия и независимости» трех частей морского управления, отмечая, что человеческая деятельность делится на изобретение (идею), приспособление и выполнение. В соответствии с таким делением центральные учреждения морского ведомства должны быть разделены на три группы: МГШ, учреждения, подчиненные товарищу морского министра, и действующие флоты во главе с полновластными командующими. В докладе Л.А. Брусилова власть морского министра как лица, объединяющего все морское управление, еще не подвергалась сомнению. На каждом из трех главных морских театров должен быть полновластный командующий морскими силами, так как существовавшие тогда главные командиры занимались больше хозяйственными вопросами. В военное время должен создаваться пост начальника тыла флота, подчиненного командующему морскими силами. Одновременно в докладе ставился вопрос об освобождении морских команд от береговой службы, прежде всего от караулов, для чего предлагалось перевести в морское ведомство несколько батальонов из сухопутных войск. Офицеры и нижние чины этих батальонов должны были нести службу как в армии, но при этом обучаться гребле и действиям в десанте «на случай образования из них на военное время авангарда десантных частей»
