Первым практическим мероприятием по реорганизации морского ведомства было введение поста товарища морского министра. После фактического отхода от дел и отъезда в Париж великого князя Алексея Александровича необходимость приведения статуса морского министра в соответствие с принятым для глав других центральных учреждений стала очевидной. 17 января 1906 г. именным высочайшим указом Правительствующему Сенату была введена должность товарища морского министра[119]. По приказу А.А. Бирилева от 14 апреля 1906 г. на его товарища возлагалось «ближайшее» руководство ГУКИС, МТК, ГГУ, УГМИФ, Канцелярией министерства, правлениями Обуховского сталелитейного и Балтийского механического заводов, Управлением сберегательно-вспомогательной кассой рабочих и вольнонаемных служащих морского ведомства и Архивом Морского министерства[120]. Позднее, когда из ГМШ был выделен МГШ, он также вошел в прямое подчинение министра. Николай II одобрил назначение на этот пост контр-адмирала Николая Александровича Римского-Корсакова (1852 — после 1907), но произошло само назначение только 7 июня 1906 г., а почти полгода до этого пост оставался вакантным. Однако на данном этапе министру не были предоставлены права главного начальника флота и морского ведомства, и сохранялась возможность назначения на этот пост кого-либо из великих князей, вероятнее всего Александра Михайловича (1866–1934), имевшего чин контр-адмирала. Следующим по старшинству «августейшим» моряком был великий князь Кирилл Владимирович, тогда капитан 2-го ранга. Прецедент прижизненного отстранения от должности генерал-адмирала уже имел место: в 1881 г. Алексей Александрович занял этот пост при жизни предыдущего главного начальника флота и морского ведомства великого князя Константина Николаевича, который скончался через десять лет после своей отставки. Выделение хозяйственно-технических згчреждений в подчинение товарища морского министра, обладавшего значительной самостоятельностью, из иностранных морских ведомств имело место только в Японии в 1893–1901 гг. Нет прямых указаний на то, что подобное устройство было прямо скопировано у Японии, но сходство говорит само за себя. В гражданских ведомствах Российской империи товарищи министров были обычно лишь помощниками своих начальников, не имея собственной сферы руководства, хотя встречались и исключения.
Появление должности товарища морского министра вскоре вызвало необходимость создания подсобного органа для организации переписки самого министра, так как Канцелярия министерства оказалась подчинена его товарищу, а при министре остались лишь два адъютанта и чиновник для поручений. 11 декабря 1906 г. была создана Канцелярия морского министра
