Получил свою окончательную организацию в 1885 г. и МТК. Его председатель фактически занял пост главного судостроителя русского флота, а сам комитет был разделен на инспекции по специальностям: Кораблестроительную, Механическую, Артиллерийскую, Минную (в ведении которой находилось также и все электрооборудование на кораблях). Некоторое время существовал также Морской Строительный комитет, ведавший проектированием береговых сооружений, но в 1891 г. он был упразднен, а его дела переданы во вновь созданную Главную инспекцию строительной части МТК. В комитете разрабатывались проекты кораблей, а распределение заказов, закупка материалов, выдача нарядов на работы и другие хозяйственные дела были переданы вновь образованному Главному управлению кораблестроения и снабжения. Кроме того, ГУКИС заготавливал все предметы материально-технического и интендантского снабжения для флота — от угля до мундирного сукна и для всех портов — от Либавы до Владивостока. Система централизованного снабжения создавалась для прекращения злоупотреблений и бесхозяйственности на местах. В состав ГУКИС входили отделы: Сооружений (ведал строительством кораблей и береговых сооружений, был создан после упразднения Морского Строительного комитета в 1891 г.)., Заготовлений (заготовка любых материалов и припасов) и Счетный (составление сметы и отпуск средств)[82]. В портах аналогом ГУКИС стали портовые конторы, а функции МТК исполняли главные техники (в главных портах), старшие техники (в портах первого разряда) или техники (в портах второго разряда). Создание этого органа вызвало в начале 80-х годов XIX в. наибольшие споры. Протесты вызывала крайняя централизация и отсутствие независимого контроля над хозяйственной деятельностью ГУКИС, так как проверки Государственного контроля были достаточно формальными и не могли гарантировать хозяйственную целесообразность всех его распоряжений.
В рамках реформы 1885 г. создаются Главное гидрографическое управление, Главное военно-морское судное управление и Управление главного медицинского инспектора флота. Важную роль играла Канцелярия Морского министерства, в обязанности которой входили, кроме ведения переписки генерал-адмирала и управляющего Морским министерством, также и кодификационные работы, а ее директор по совместительству был юрисконсультом морского ведомства[83].
В целом можно сделать вывод, что система 1885 г. имела целый ряд преимуществ по сравнению с организацией морского ведомства образца 1867 г. Однако когда проводились преобразования середины 80-х годов, корабельный состав флота был еще сравнительно невелик. Эта система могла обслуживать и выросший флот рубежа веков, но только в условиях мирного времени, когда можно было более или менее точно прогнозировать потребность флота в запасах, и отсутствовала необходимость массового экстренного ремонта кораблей. Поэтому в ходе русско-японской войны прежде всего выявились недостатки материально-технического обеспечения боевых действий на море, и показали свою неподготовленность органы оперативно-стратегического руководства флотом. Их численная и интеллектуальная слабость усугублялась также непониманием большинством высших морских начальников значения и роли штаба. Еще до русско-японской войны для некоторых морских офицеров недостатки системы 1885 г. были очевидны. В частности А.Г. фон Витте предполагал, что уже в ближайшем будущем последует расширение компетенции Адмиралтейств-совета, а в его состав будут включены представители «плавающего» флота; ВМУО будет придана более четкая организация и его деятельность будет сосредоточена исключительно на разработке стратегических вопросов; в ведении МТК останется лишь решение важнейших научно-технических проблем, а частные технические и хозяйственные вопросы будут переданы в ГУКИС и в порты. Кроме того, по мнению А.Г. фон Витте, неизбежна и коренная реорганизация ГУКИС
