В 1881 г. Константин Николаевич после смерти старшего брата вынужден был покинуть пост главного начальника флота и морского ведомства. Его сменил брат нового императора Александра III великий князь Алексей Александрович (1850–1908). Как и его дядю, Константина Николаевича, Алексея Александровича с детства готовили к роли будущего вождя русского флота. В 1871 г., когда великому князю исполнился двадцать один год, он был назначен старшим офицером фрегата «Светлана», на котором совершил плавание в Северную Америку, обогнул мыс Доброй Надежды, посетил Китай и Японию и побывал во Владивостоке. Алексей Александрович принял участие и в русско-турецкой войне 1877–1878 гг., наводя переправу через Дунай. 13 июля 1881 г. великий князь занял пост главного начальника флота и морского ведомства, а в 1888 г. получил чин генерал-адмирала.
Управляющим Морским министерством и правой рукой нового главного начальника флота стал вице-адмирал И.А. Шестаков (1820–1888). Его карьера сделала несколько резких поворотов. В 1836 г. гардемарин Морского корпуса, несмотря на успехи в учебе, был исключен за дисциплинарный проступок, но не оставил мечту о море и поступил юнкером в Черноморский флот в пору его расцвета. И.А. Шестаков участвовал в нескольких боевых операциях, в том числе и в высадке у мыса Адлер в 1837 г. Молодой человек был замечен адмиралом М.П. Лазаревым, стал его адъютантом, а в 1854 г. становится адъютантом великого князя Константина Николаевича и исполняет несколько важных поручений, связанных со строительством новейших кораблей как в России, так и в США. Позднее он командует русским отрядом в Средиземном море, занимает пост помощника командира Кронштадтского порта по морской части. Казалось бы, И.А. Шестакову предстоят новые высокие назначения, но в 1866 г. он оказался градоначальником в городе Таганроге, потом был два года Виленским губернатором, а затем и вовсе вышел в отставку, но в 1872 г. И.А. Шестаков снова на службе в качестве военно-морского агента в Австро-Венгрии и Италии. Когда в 1881 г. ведомство возглавил великий князь Алексей Александрович, И.А. Шестаков был вызван в Петербург и вскоре стал управляющим Морским министерством.
В начале 1880-х годов необходимость увеличения морских сил была очевидна, как и непригодность старых учреждений для руководства растущим флотом, а поэтому в 1884–1886 гг. проводятся серьезные преобразования в системе управления ведомством. Новое устройство центральных учреждений Морского министерства было введено «высочайше утвержденным» 3 июня 1885 г. «Положением об управлении морским ведомством». Впоследствии введенная этим «Положением…» структура управления получила название
