5 августа к Смоленску подошли русские войска. Этот день оказался самым кровавым в истории города. В одной из схваток погиб генерал А.А. Скалон, подоспевший со своим полком на поддержку защитников Молоховских ворот. На другой день Наполеон, отдавая дань уважения отважному русскому генералу, приказал похоронить его у Королевского бастиона со всеми воинскими почестями и сам присутствовал на похоронах. Могила генерала Скалона сохранилась до наших дней.
На всю жизнь запомнил Наполеон невиданную стойкость защитников Смоленска. О ней он думал, даже находясь в ссылке на острове Святой Елены. Смоленское сражение не принесло ему ожидаемого результата. Расчеты добиться быстрой победы потерпели крах.
Однако, учитывая невыгодное соотношение сил и возможность обхода Смоленска французами, Барклай-де-Толли решил оставить город и отойти на восток. Вместе с армией ушло и население. Французы вступили в горящий, безлюдный город. Сразу же после вторжения французских войск на территории Смоленщины началась партизанская война.
После поражения в Бородинском сражении, после бегства из Москвы, после отступления по разоренному смоленскому тракту, после крупного поражения под Вязьмой, Наполеон отступил к Смоленску. Если в августе он в город въехал на белом коне, то в конце октября вошел пешком. Плохо подкованные лошади не смогли везти по обледенелой, круто поднимающейся на смоленские холмы дороге карету императора.
Отступая из Смоленска, бессильный в своем бешенстве, Наполеон отдал своим подчиненным приказ поджечь город и взорвать крепостную стену. Под башни подложили порох и девять из них были взорваны.
Вскоре в результате непрерывных боев считавшаяся непобедимой французская армия была истреблена. Из России Наполеон вывел ее жалкие остатки. Фельдмаршалу М.И. Кутузову за выдающиеся заслуги в разгроме неприятеля был присвоен почетный титул князя Смоленского.
Долгие годы Смоленск носил глубокие раны вражеского нашествия. Но русский народ не оставил город в беде. В Петербурге, Нижнем Новгороде, Калуге и других городах начался сбор пожертвований в его пользу. Кроме того, были получены и некоторые субсидии от правительства. Постепенно Смоленск стал возрождаться. Были построены новые храмы, административные здания, каменные и деревянные жилые дома, новый мост через Днепр, сооружено красивое здание Дворянского собрания, приступили к ремонту крепостной стены, на новой площади стали проводиться Никольские ярмарки.
