В ноябре 1917 года Минскер вновь выехал в Иркутск, где принял участие в подавлении юнкерского мятежа. За сотрудничество с советской властью был исключен из партии эсеров. На 2-м съезде Советов Сибири избран в ЦИК Советов Сибири (Центросибирь), заведовал информационным отделом. Позже стал членом президиума ЦИК.
После поражения советской власти в Сибири Минскер ушел в подполье. Был избран в подпольный ревком. В декабре 1918 года вступил в РКП (б). 22 января 1919 года был арестован колчаковской контрразведкой и до 31 января 1920 года находился во владивостокской тюрьме.
После освобождения Я.Г. Минскер находился на партийной работе, руководил профсоюзами в Харбине, являлся одним из организаторов всеобщей забастовки служащих КВЖД.
В период борьбы с каппелевцами Минскер — уполномоченный Военного совета Амурского фронта в Северной Маньчжурии. С октября 1920 года — уполномоченный (резидент) Разведупра Штаба РККА в Северной Маньчжурии.
С февраля 1922 года Яков Минскер — сотрудник ИНО ГПУ. В 1922–1924 годах находился на разведывательной работе в Персии. В ноябре 1925 года назначен резидентом ИНО ОГПУ в Шанхае. В декабре 1926 года переведен на должность резидента ИНО ОГПУ в Турции.
В 1929 году Я.Г. Минскер был отозван в Москву и работал в центральном аппарате внешней разведки, занимая должность начальника отделения Дальнего Востока ИНО ОГПУ. Скончался 24 сентября 1934 года.
Работа резидентуры в Шанхае осуществлялась в сложных условиях. В марте 1927 года главный советский военный советник Михаил Бородин, следуя пожеланиям компартии Китая и указаниям Коминтерна, предпринял неудачную попытку сместить Чан Кайши с поста главнокомандующего китайской армии. Руководство КПК стало формировать отряды Красной гвардии в пролетарской столице Китая — Шанхае с целью организации вооруженного восстания, провозглашения революционного правительства и создания китайской Красной армии. В ответ Чан Кайши предпринял наступление на Шанхай, который под ударами его войск пал 12 апреля 1927 года. Восстание китайских коммунистов было подавлено, 25 руководителей компартии Китая были казнены. Но в это время Наум Эйтингон уже работал резидентом ИНО ОГПУ в Пекине.
В апреле 1927 года по указанию Чан Кайши китайская полиция совершила налет на советское Генеральное консульство в Пекине. В результате было изъято большое количество документов, в том числе шифры, списки агентуры и материалы о поставках советского оружия компартии Китая, а также инструкции китайским коммунистам по оказанию помощи советским разведчикам в их работе.
