В 1920 году закончилась Гражданская война на европейской части России. Все эти годы Федор Карин работал без отдыха, с громадным напряжением сил. Интенсивная работа и полученное им ранение отрицательно сказались на здоровье контрразведчика. По настоянию врачей он написал рапорт на имя исполняющего обязанности начальника Оперативного отдела Артузова:
«Представляя при сем заключение профессора Мартынова и удостоверение врача Ос. Отдела ВЧК, прошу Вашего разрешения и ходатайства об отправлении меня в санаторий для лечения.
Прим.: за все время с Октябрьской революции никакими отпусками ни разу не пользовался.
Сотрудник Оперотдела — Ф. Карин».
Артузов наложил резолюцию на рапорт: «Упр. делами: Карину необходим отпуск на две недели по болезни. Прошу оформить. И. о. оперотдела А. Артузов. 8. XI. 20 г.».
Отдохнув и поправив здоровье, Федор возвращается в Оперативный отдел. В мае 1921 года чекисты выходят на след контрреволюционной организации «Народный союз защиты Родины и свободы» (НСЗРиС), возглавляемой известным террористом эсером Борисом Савинковым, организатором ряда громких убийств, в том числе московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича. Этот террорист «прославился» еще и тем, что в годы Гражданской войны организовал восстание эсеров в тылу Красной Армии в городах Рыбинск и Ярославль. Во время этих восстаний были убиты тысячи мирных граждан. В 1921 году Савинкову удалось создать Западный областной комитет своей организации на Украине и в Белоруссии. Для борьбы с савинковцами Артузов разработал операцию «Синдикат-2», в реализации шторой принимали участие Карин и другие сотрудники ВЧК, среди которых, в частности, был ставший впоследствии знаменитым разведчиком Наум Эйтингон.
Гомельская губчека зафиксировала распространение в городе листовок контрреволюционного содержания. Одновременно чекисты вышли на некоторых военных специалистов, чье поведение вызывало подозрения. У ряда из них, в том числе на квартире уездного военрука Максимова, были произведены обыски. Чекисты нашли антисоветскую литературу, документы и печати НСЗРиС. Они произвели аресты, и в июле 1921 года Западный областной комитет НСЗРиС был ликвидирован. В 1925 году был арестован и сам Б. Савинков. А операция «Синдикат-2» продолжалась до полного разгрома его организации.
В 1922 году Гражданская война завершилась на всей территории Советской России. Отпала необходимость содержать в прежнем объеме самый крупный в системе ВЧК Особый отдел, занимавшийся прежде всего военными делами. В феврале 1922 года Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем упраздняется и на се основе создается Государственное политическое управление (ГПУ) при НКВД РСФСР. Федор Карин становится сотрудником Иностранного отдела (ИНО) ГПУ (внешней разведки).
